1950年初，在苏联的支持和帮助下，新生的中华人民共和国挥师西进，人民解放军西北野战军三千里大跃进，进驻新疆，迅速遍布天山南北。
在军事控制新疆后，中共还面临一个重大任务，那就是厘清与苏联的关系，整合伊宁政权。
苏联帮助中共迅速占领新疆，绝不是国际主义互助精神起作用，是从苏联利益考虑的。“莫斯科把新疆作为礼物奉献给新盟友，无非是希望毛泽东接受在外蒙古和东北问题上的既成事实”。同时，这样做的结果也使斯大林在新疆问题上有了发言权，从而巩固和加强苏联在新疆的影响及特殊地位。
早在邓力群在伊犁期间，苏联一再建议把新疆的省会确定在伊犁。邓力群表示兹事体大，个人不能表示意见，苏联方面还是坚持要他转告中共中央。全国解放以后，“苏联驻新疆总领事又在一次欢迎来自北京的代表团的宴会上，公开提出这一建议”。遗憾的是，中共没有接受苏联的要求，而是将新疆省会定在了迪化（今乌鲁木齐）。
1949年底，毛泽东亲自前往莫斯科，与使斯大林洽谈重新签订“中苏同盟条约”事宜。值得注意的是，在谈判过程中，“新疆代表团是中国各省中惟一参加谈判的省级地方代表团”。中苏两国进行外交谈判，同时还单独要中国一个省参加，说明在《条约》的谈判内容中，有不少问题涉及到新疆。
1950年2月14日，《中苏友好同盟互助条约》签字。苏联人得到了丰厚的回报，在此仅介绍下有关新疆部分。
《中苏友好同盟互助条约》中规定：除了苏联人外，中国政府不能允许第三国人员进入新疆和东北，不能允许第三国势力在新疆和东北活动。新疆和东北成为苏联独占的势力范围。
为了控制新疆，苏联在伊宁事变后曾在新疆大力发展侨民，向新疆民众授予苏联国籍，1945年苏联侨民约3万，到1949年新疆所谓苏联侨民近20万人，苏联要求中国承认苏联侨民的双重国籍。中国政府答应一般群众可以保留双籍，但中国政府和军队的主要官员，都必须放弃苏联国籍。要知道，在中国其他地区，是不允许有双重国籍的。
《中苏友好同盟互助条约》谈判过程中，斯大林提出单独签订一个新苏之间的贸易协定，毛泽东同意了，并且反复强调这个协定应有中国的中央政府签署并负责。1950年2月14日，在《条约》签订的同时，中苏两国还签订了双边贸易的文件，其中都包含有新疆对苏联的贸易部分，
新疆石油、有色金属等矿产丰富。中国政府接受苏联有关中苏合股开采新疆石油、有色及稀有金属矿藏的建议。1950年3月27日，中苏两国政府在莫斯科签订《关于在新疆创办中苏石油股份公司协定》、《关于在新疆创办中苏有色及稀有金属股份公司协定》。苏联获得了新疆石油和有色金属的联合开采权。
一系列条约的签订既已保障了苏联在新利益，吃的饱饱的斯大林自然不会在伊宁政权上纠结，伊宁政权就放手让中共去整合吧。
伊宁政权与中共有相似的地方，都反抗国民党当局政府，都依靠强大的苏联在组织上军事上予以援助。也有不同的地方，中共旨在为了建立一个包括新疆在内的统一的新中国，而伊宁想推翻国民政府在新疆的统治，依照“民族自决权”理论，建立一个“东突厥斯坦共和国”。
1946 年2月3日，阿合买提江在《解放的东突厥斯坦报》撰文，以“喜讯”为大标题报道了当时世界各国革命运动情况。报道一开始表示对“阿尔巴尼亚和蒙古共和国宣布自己独立共和国成立的消息”表示这是“对我们来说都是最好的消息”。阿合买提江认为蒙古国人民和三区的人民有共同的命运，都是要建立一个自己的民族国家，认为国民政府在新疆的行为是殖民统治。文章对二次世界大战之后胜利的各个独立的国家的情况都进行了介绍，并表明三区人民对建立自己的国家的热切希望，对中共领导的解放战争只字未提。
1946年9月6日，阿合买提江再度撰文，对国民党政府将三区称为“秦突厥斯坦”做出回应，对“东突厥斯坦”的历史做出简要回顾，称：
“东突厥斯坦的领土，从来就是维吾尔民族所居住的地方，维吾尔人民的生活在三、四千年前的历史证明，……伊犁、塔城、阿勒泰或南疆北疆，或新疆等，这都是对从来在这世居人民——我们——的祖国的称呼。最后的‘新疆’这一名称，只是汉族殖民者占领我省、使其完全陷为殖民地、和中国皇帝树立起自己的势力以后才形成‘新疆’，这个新的名称是‘新的范围’。”
可见，脱离“汉族殖民者”统治，独立建国是阿合买提江等伊宁政权领导人孜孜追求的目标。
1949年前，伊宁政权和中共领导的解放战争还是两条平行线。1949年春天，在苏联的安排下，两条平行线开始交汇。
在邓力群到达伊犁的第三天，在苏联领事馆的带领下，邓力群与伊宁政权领导人阿合买提江、伊斯哈克伯克（时任民族军司令员）、阿巴索夫等人见了面。阿巴索夫担任翻译，邓力群向几位领导人说明了自己此行的任务，转达了中共中央对三区革命的充分肯定和高度评价，以及对三区领导人的关怀，并奉中央之命，口头邀请三区方面派代表赴北京参加即将召开的全国新政治协商会议。
随后中共中央发来电报，以中共中央名义邀请三区方面选派代表，到北京参加第一次人民政治协商会议。邓力群按照刘少奇的指示向三区方面表示：“此系全疆的代表，国民党统治区一人，少数民族代表4人。5人中最好有2至3位特区负责的领袖，1位汉族代表。”
三区领导人专门召开会议，决定由阿合买提江、伊斯哈克伯克、阿巴索夫、达列力汗与迪化的罗志5人作为新疆各族人民代表参加全国新政治协商会议。阿合买提江等5位代表于8月22日离开伊犁，抵达苏联伊尔库兹克，计划飞满洲里，然后从满洲里坐火车赴北京，因天气恶劣，飞机在苏联贝加尔湖失事，5人全部罹难。
在邓力群的协调和周密安排下，新疆三区又派出了赛福鼎、阿里木江、涂治3位代表赴京，代表新疆人民如期参加了全国的政协会议。
1949年9月21日召开的中国人民政治协商会议通过了《中国人民政治协商会议共同纲领》。《共同纲领》明确规定：“各少数民族聚居的地区，应实行民族区域自治，按民族聚居的人口和区域的大小，分别建立各种民族自治机关”。
在处理民族问题上，中国共产党秉承的还是斯大林民族理论，如对各传统部族（满蒙回藏等）仍称“民族”，强调中国是一个“多民族”国家等。这些基础理论并没有改变，改变的只是把苏联模式的“民族自治共和国+联邦制”调整为“民族区域自治”，同时明确规定自治区域在法律上没有分离和独立的权利。
开会期间，新疆警备总司令陶峙岳、新疆省政府主席包尔汉接受中共的和平解放新疆的主张，相继通电起义。正在北京参加政协会议的赛福鼎也发表声明，表示支持陶峙岳和包尔汉的行动。
对于和平解放后新疆临时政权人员构成问题，毛泽东给彭德怀的电文中说：“我们的人（是否王震去新疆）为副主席，再加伊犁方面一人为副主席，以为过渡机关。”
1949年11月，由彭德怀、张治中、王震主持，在迪化召开由各民族、各民主党派、各阶层和驻军代表参加的代表大会会议，民主协商组建新疆人民政府。
12月16日，省政府人员组成名单公布，33名省政府委员有三区领导骨干13人。新疆和平统一，结束了政权分立局面。
12月17日，新疆人民政府成立，包尔汉（维吾尔族）为主席，高锦纯（解放军第四军政治委员）、赛福鼎（维吾尔族）为副主席。当天，新疆省人民政府成立大会讨论通过《新疆省人民政府委员会目前施政方针》。
结合这一施政方针，民族军改编为中国人民解放军第5军，成为中国人民解放军的一部分。1950年元月在伊宁举行的五军成立大会正式把五军分编成十三师和十四师。（未完待续）
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