课前准备----单细胞空间VDJ的motif分析

作者，Evil Genius

我们本次的单细胞空间培训课程马上要上第15课了，课程已经上了一半，不知道大家学会了没有，学员可以在群里分享自己遇到的问题，我们花钱上培训班的目的就是把分析能力学到手，大家一定要抽时间研究研究。

这一篇来一个简单的，VDJ的motif分析。

单细胞进行motif的各种细节已经讲过了，空间VDJ课程会再提一下。

而针对空间的VDJ分析，各大公司仅是和大客户一起研发做做，没有大规模的商用化平台，费用也相对较高。

那么VDJ的motif分析无论是单细胞还是空间，都是分析的重点。

其中有一个问题，抽取哪些T/B的VDJ序列进行motif分析,也就是哪部分VDJ序列是我们的目标序列，留给大家自己思考了。

代码如下，非常简单

library(immunarch)

immdata_10x <- repLoad('/home/samples/DB/scRNA/immunarch')

kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 3)

kmers <- getKmers(immdata$data, 5)

kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 3, .coding = F)

###Sequence motifs analysis
kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 5)

kp <- kmer_profile(kmers, "self")

res = 200

png('vdj.motif.png',width = 7*res, height = 7*res, res = res, type="cairo-png")

vis(kp, .plot = "seq")

dev.off()

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