pubmed数据挖掘：RISmed包

简介

该包可以检索pubmed数据库。返回检索结果。并通过一系列函数提取检索结果。其实就类似于用网页检索的到的结果，然后导出medline格式的文件。该包的基本的两个函数为EUtilsSummary和EUtilsGet。分别为返回检索的结果。另外一个以第一个为基础。返回检索到的文献的具体信息

核心函数

其中在EUtilsSummary中可以通过mindate和maxdate限制日期。retstart限制检索的起始位置、retmax返回检索的最大数量(默认是100)

library(RISmed)
options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
pubmed <- EUtilsSummary(query = "WGCNA cancer",retmax = 200)
fetch <- EUtilsGet(pubmed)

提取元素函数

我们可以通过AbstractText提取摘要、Acronym提取缩写、Affiliation提取单位、Agency提取机构、PMID提取文章PMID、ArticleTitle提取文章题目、Author提取作者、Cited提取文章的被引次数、Country提取国家信息、ELocationID提取DOI、Title杂志的全名、ISOAbbreviation提取发表杂志简写、Mesh提取文章的主题词、PublicationType发表类型