差异基因很多时该怎么办

| 之前跟大家分享过“差异基因不显著的应对方法“；但同时，也有很多朋友表示他的项目差异基因不仅显著，并且还很多多多！这个问题应该很多朋友会遇到，所以今天我们来探讨一下“差异基因很多时该怎么办”的问题。

首先我们来明确一下， 差异基因很多的原因有2个方面，首先：

①生物调控是一个系统，是一个由点→面的级联放大过程，同时包括了正反馈与负反馈。

②然后一个基因包含了多种功能

不过重要的是，针对我们的研究目的而言，并非所有的差异都有意义。

所以差异基因很多怎么办呢？我们通过2个案例分析一下。

初级方法：首先找到正确的方向and排除非主要因素。

比如我们曾经处理过一个项目，用温度处理某种生物胚胎，然后RNA-seq结果，观测到了大量与新陈代谢相关的基因表达量变化。那么，问题来了，新陈代谢与研究目标没有关联，怎么做后续分析？这个时候应该果断放弃新陈代谢方向，然后往什么方向研究呢？当然是往你期望的方向靠拢啊啊啊。

比如这篇研究作者想分析组蛋白通路。我们都知道胚胎时期是决定表观遗传的关键时期。所以我们应该重点关注DNA甲基化酶和组蛋白修饰酶的差异变化。

进阶方法：差异基因趋势分析+通路逻辑

背景：荔枝书属热带、亚热带广泛种植的常绿木本树。在全球变暖、气候变化时导致的开花缺陷对于荔枝生产是主要挑战。以前的研究已经表明，高温条件可促进花蕾中早期叶的生长并且抑制荔枝开花，而甲基紫精二氯化物（MV）诱导的活性氧可以促进早期叶的衰老、脱落。为了解活性氧在荔枝开花过程中的分子功能，对荔枝进行了转录组测序并从头进行组装。

<ignore_js_op style="overflow-wrap: break-word;"> image

</ignore_js_op>

无独有偶，这项研究的差异基因也非常多，5000+个。于是我们将所有差异基因进行趋势分析（减少短时间基因随机波动的影响），逐步找到目标基因；然后将差异基因进行KEGG注释，找到具有代表性的10个通路。其实这个时候也可以发一篇SCI了，但是要让文章水准上一个台阶，就需要扯通路之间的逻辑关系了。比如某个信号转导通路表达量显著整体提高了，可能是因为上游某个信号传导的敏感性，这篇文章正是如此。

总结一下：差异基因很多可能是大家经常遇到的问题，但是将数据回归生物学问题本身是最基本也是最有效的方法。有时候我们需要果断弃掉一些非主要因素，然后再考虑内在的逻辑关系。

|