群体杂交渐渗基因流软件

基因型填充

- fillGenotype

- beagle

基因型填充(Genotype-Imputation)：从原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)

杂交渐渗：

- BPP

- TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst

- DSUITE

- ABBA-BABA WINDOWS

- HyDe

- QuIBLQuIBL学习 - 简书 (jianshu.com)

- SNaQ

- PhyloNet网状进化

- Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil

Dfoil - 推断祖先基因流 - 简书 (jianshu.com)
越古老的渐渗片段通过重组和自然选择会越来越短，通过渐渗区域的长短可以判断基因流的时期。

- MSCquartets

- TICR

- D3

- Dp

- hmmix

hmmix

- S*

S* and Archaic match p-values
bvernot/freezing-archer: Tools for identifying introgressed archaic sequence. (github.com)
NEE2023 Ghost admixture in eastern gorillas

物种树构建后的基因渗入检验方法 —BIO-101 (bio-protocol.org)

建树软件合集参考：系统发育常见软件与在线工具合集 - 简书 (jianshu.com)

群体结构：

- finestructure

- structure

- admixture

- admixtools

- Dxy

- vcftools

- plink

- 遗传成分画图

https://mp.weixin.qq.com/s/dhgMn6G-_60-8b9ZOo8upA

mapmixture

估算分化时间

- mcmctree

paleobiodb&timetree查找物种分化时间 - 简书 (jianshu.com)
mcmctree估算物种分歧时间 - 简书 (jianshu.com)
物种分歧时间、分子进化速率计算（TimeTree、PAML mcmctree、codeml 、MEGA 看这一篇文章就够！) - 知乎 (zhihu.com)

群体历史：

- momi2

- msmc2

- psmc

- fastsimicoal2

群体历史画图

-DemesDraw

DemesDraw

基因功能富集：

- agriGO

-

文章

DETECTABILITY OF VARIED HYBRIDIZATION SCENARIOS USING GENOME-SCALE HYBRID DETECTION METHODS

该文章对检测杂交事件流行的软件和方法进行了评测，TICR,MSCquartets, HyDe, Patterson’s D-Statistic (ABBA-BABA), D3, and Dp。摘要里提到MSCquartets是最准的。

群体选择

- SweeD【群体内选择信号】SweeD--CLR选择 - 知乎 (zhihu.com)

- XP-CLR