1.目的

在转录组数据下游分析时，可能会做荧光定量PCR，故需要转录本信息进行有关分析。下面记录我自己如何获得转录本信息的。需要提前准备的数据有，单条染色体的fasta序列和基因组gtf文件。

2.获取方法

2.1gtf文件获取转录本信息

通过grep命令获取目标基因的信息

 grep "HYC85_020135" genes.gtf 
#HYC85_020135是基因的名称，genes.gtf 是目标文件

会展示所有HYC85_020135有关的信息，主要是三大类：转录本、外显子、CDS。并记录了他们所处染色体和位置信息

2.2基因获取

awk '/^>/{p=0} {p+=length($0)} p>=74802832 && p<=74805770' CM025504.1.fasta > HYC85_020135.fasta

p>=74802832 && p<=74805770是基因的位置，CM025504.1.fasta是染色体的文件，HYC85_020135.fasta是输出文件，将结果输出到指定文件。

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