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「益生菌治疗可能没用，甚至会伤害你」的文章，让许多人对益生菌产生了怀疑。
2018 年 9 月 6 日，美国顶尖的科学杂志《Cell》同期推出了两篇以益生菌为主角的文章，其中之一是《Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT》。
当天，美国科学新闻杂志《NewScientist》用《Probiotics are mostly useless and can actually hurt you》标题，刊登了介绍《Cell》这篇文章的科普报道，也就是「益生菌治疗可能没用，甚至会伤害你」的来源。
事实上，Cell 的研究样本数不大，只是对特殊人群（抗菌治疗后）的肠道菌群情况分析，这仅仅是狭窄的单一场景下益生菌使用情况，而且也没有更进一步的对患者临床结果的研究。
2014 版国际益生菌和益生元科学协会的定义，益生菌是「当施以足够量时可赋予宿主健康益处的活的微生物」。
人类的肠道中有数以亿万计的细菌组成我们的肠道菌群结构。随着研究的不断深入，我们发现，这些微生物可以影响到人体的各种生理功能：帮助消化吸收、促进免疫成熟、影响肥胖、糖尿病等代谢异常。通过干预肠道菌群，就有可能帮助我们实现某些健康目的。
益生菌或许没有很多企业吹的那么强大，比如可以抗癌，但益生菌绝对不是无益的。
很多场合都用的到，比如：
1.缓和胃肠不适
近年来胃肠不适的比例逐渐升高，而补充益生菌为改善整体肠道功能的最佳方式。若是坏菌掌控肠道，会导致腹泻、便秘、疲劳、头痛、胀气、恶心和想吃更多的糖份与精制碳水化合物；益生菌可增加肠道中的好菌，改善肠道功能。
2.更好的消化吸收
不健康的肠道无法好好消化食物，这意味着人体所需的维生素、矿物质可能也无法有效被吸收。益生菌可有效抑止有害的生物并改善消化系统及营养摄取。
3.提升免疫系统
健康的肠道是提升人体免疫功能的关键。益生菌可帮助免疫系统辨识有害的病原体，如感冒、流感病毒等等；对那些有着自体免疫疾病而经常服用药物的人来说，益生菌更能帮助因为药物而被抑制的免疫系统。
4.促进新陈代谢及减重
研究指出，过胖的人肠道坏菌比瘦的人多，好菌却比瘦的人少；研究更显示，这些坏菌会造成人体发炎，导致肥胖，使减重更加困难。加工食品、高糖饮食及不健康的脂肪只会导致坏菌和胰岛素阻抗增加，体重也跟着上升，健康的饮食才是维持健康的主要关键。
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