Python 序列截取2021-06-21

序列截取实际上也就是字符串截取

1.索引数字使用

Python 允许从字符串的两端使用索引：

• 当以字符串的左端（字符串的开头）为起点时，索引是从 0 开始计数的；字符串的第一个字符的索引为 0，第二个字符的索引为 1，第三个字符串的索引为 2 ……

seqence='ATCG'
seqence[0]
Out[31]: 'A'
seqence[1]
Out[32]: 'T'
seqence[3]
Out[33]: 'G'

• 当以字符串的右端（字符串的末尾）为起点时，索引是从 -1 开始计数的；字符串的倒数第一个字符的索引为 -1，倒数第二个字符的索引为 -2，倒数第三个字符的索引为 -3 ……

seqence[-1]
Out[34]: 'G'
seqence[-3]
Out[35]: 'T'
seqence[-4]
Out[36]: 'A'

2.获取多个字符（字符串截去/字符串切片）

使用[ ]除了可以获取单个字符外，还可以指定一个范围来获取多个字符，格式为：

sequence[start : end : step]

• start：表示要截取的第一个字符所在的索引（截取时包含该字符）。如果不指定，默认为 0，也就是从字符串的开头截取；
• end：表示要截取的最后一个字符所在的索引（截取时不包含该字符）。如果不指定，默认为字符串的长度；
• step：指的是从 start 索引处的字符开始，每 step 个距离获取一个字符，直至 end 索引出的字符。step 默认值为 1，当省略该值时，最后一个冒号也可以省略。

3.截取编码蛋白的起始密码子与终止密码子

起始密码子就是前三个字符串[0,1,2]，终止密码子就是最后三个字符串[-3,-2,-1]

• 起始密码子，因为end截取时不包含该字符，所以要取[0,1,2]就得选择[0:3]这样才能包括前三个字符。

seq[:3]
Out[39]: 'ATT'

• 终止密码子，可以直接使用[-3:]，因为start是包含起始位点的。

seq[-3:]
Out[40]: 'TAA'

参考
http://c.biancheng.net/view/2178.html