R package：xcms标准品谱图的导入/导出和可视化

library(xcms)
library(ggplot2)

stantard <- list.files(pattern = "*.mgf")
stantard
stantard1 <- spectra(readMgfData(stantard[1]))

stantard1 包含4个列表，分别为使用使用0V，10V，20V和40V的碰撞能量创建的MS2光谱

查看碰撞能量为0V时的MS2光谱

plot(stantard1[[1]])+theme_bw()

10V.png

查看碰撞能量为0V时和10V时MS2光谱的比对

plot(stantard1[[1]],stantard1[[2]])

0V_vs_10V.png

compareSpectra(stantard1[[1]],stantard1[[2]], binSize = 0.02,
               fun = "dotproduct")
#[1] 0.8715562

plot(stantard1[[2]],stantard1[[3]])

10V_vs_20V.png

compareSpectra(stantard1[[2]],stantard1[[3]], binSize = 0.02,
               fun = "dotproduct")
#[1] 0.5715213

plot(stantard1[[3]],stantard1[[4]])

10V_vs_40V.png

compareSpectra(stantard1[[3]],stantard1[[4]], binSize = 0.02,
               fun = "dotproduct")
[1] 0.1388718

当碰撞能量为40V时，母离子已经完全裂解。

导出

writeMgfData(data_1L[[1]], file="itraqdata.mgf")