上周四晚上（2020.4.2）使用scRNAseq分析数据的时候，载入数据的时候总是报错，之前没有遇到过；应该是网速的问题；但是仍然想升级一下scRNA-seq包，是不是可以不用下载这个数据了，解决网速限制。结果升级之后发现新版本的scRNAseq安装失败，不是提示缺少相关的R包就是scRNAseq对象SingleCellExperiment无法加载相关的元素。
library(scRNAseq)
## ----- Load Example Data -----
data(fluidigm)
ct <- floor(assays(fluidigm)$rsem_counts)
ct[1:4,1:4]
想解决，谷歌搜索用不了，只能度娘，我想说的度娘太娘了都是垃圾，还是安装不了。
妥协一下，安装会原来的包或者更低版本的包。还找不到相关的old version。最后还是
bing一下，找到了development version，还是不得行。
而且在安装scRNAseq的过程中，不小心update设置成了T，升级了绝大多数的R包。
BiocManager::install(c( 'scRNAseq'),ask = F,update = T)
结果提示S4Vectors报错：
Error: package or namespace load failed for 'S4Vectors':
Function found when exporting methods from the namespace 'S4Vectors' which is not S4 generic: '%in%'
Error: package 'S4Vectors' could not be loaded
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package 'scRNAseq'
升级R语言到3.6.2，还是报错。
搜索发现可能是某些R包的版本不统一，冲突了。重启R报错仍在。
首先，重新安装S4Vectors，可以安装，但是加载相关的R包仍然报相同的错。本地安装S4Vectors仍然不能解决这个问题。
考虑将依赖S4Vectors的R包卸载了重新安装，仍然报错，说明没有找到冲突的包。
在生信技能树群里求助，大神思考问题的熊，一如既往的热情耐心的帮我找问题，还自己安装了一下S4Vectors和scRNAseq两个包。
大神建议我R --vanilla 启动 R，然后bioc重装一下 S4Vectors，或者去看看R有几个包的目录，把这个包的文件删了再装一遍。不用全部重新装一遍。
我又试了一遍仍然不行。
最后决定直接重新安装所有的R包。
重装R包虽然解决了问题，但是耗时太多，毕竟安装了太多的R包。
总结，对于R包升级要谨慎，一般除非不升级不能用或者报错才主动去升级对应的R包，特别是一键式升级所以的R包最好不用。
最后致谢思考问题的熊-简书一个不断完善直接，追求卓越的帅哥，大家可以关注他的知识星球靠谱的熊基地，不仅能学到生信相关的知识，还能学到很多实用的技能！一起加入吧。
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