灵耀寺的佛光已经消失一甲子。于我们这代人而言，灵耀寺就像一个传说。但在耄耋老人的口述中，灵耀寺的存在却是那般清晰。明万历壬子《龙游县志》诸寺观中，将灵耀寺列为第一名寺。
灵耀寺原名灵光寺，始建于晋义熙年间，已有1600年的历史，是古太末境内历史最悠久的寺院。宋绍圣年间，灵光寺易名为灵耀寺，灵耀亦作“灵曜”，谓天，或日月的意思，寺名气势磅礴。
灵耀寺地处龙游县城中心。两旧志记载，灵耀寺建在姑蔑故宫旧址上，相传春秋时姑蔑子分封于此。一般的寺庙里所供伽蓝神是完全汉版的伽蓝神关羽，但灵耀寺所供伽蓝神是姑蔑子遗像，服饰是进贤冠。《后汉书·舆服志下》：“进贤冠，古缁布冠也，文儒者之服也。”
在老人记忆中，站至二楼仍要仰视其像，伽蓝神身披长风，头束帻巾。这类进贤冠服饰风格至少出现在南北朝以前，常见于两汉。说明灵耀寺所供伽蓝神符合晋代建寺时的早期特征。
宋时郑得彝《灵耀寺》有诗赞曰：
法门照寂本来同，话断无生妙亦通。
境幻灵光西竺国，梦空姑蔑大槐宫。
市云朝暮钟声外，墙月高低塔影中。
琴鹤翁曾遗旧隐，百年凛凛尚清风。
古诗印证了灵耀寺建在姑蔑故宫址上。
清乾隆余作沛《重建毗卢阁记》记载：“邑之西北百余步。古刹曰灵耀寺，广袤约百亩。”灵耀寺的具体位置：以县治中心为基点，向西北迈出百余步，边界分别是太平路以北,义和巷以西，文化路以南，包括现义商银行、桥下小学范围等，原鸡鸣书院、三官堂旧址等均在灵耀寺范围内。从面积约百亩计，西边界址直抵新华路，这个面积应该包含寺院所属的部分僧田。寺庙的收入除了信众布施外，还有僧田的租金。
自古以来，灵耀寺殿宇巍峨，规制宏博，禅和云集，檀信皈心，香火之盛，称龙丘第一山。然，至宋、明及清，代有兴废，屡圮屡修。历次重修中主要有明天顺间知县王瓒、万历间知县万廷谦、清康熙间知县卢灿、乾隆间县人翁登发等。
灵耀寺最后一次重修于光绪戊戌春，重修者为住持孤峰。
孤峰上人，俗名严耆孙，字英仲，法名开霁，歙县人。咸同间，曾辅佐衢州严总兵饶廷选幕，保至知县。初署余杭知县，却因杨乃武案被劾。复出后署桐庐知县，又遇灾年亏欠，卸任时累计亏空数千金，仕运实在不佳。
孤峰后弃家至普陀山法雨寺削发为僧。他在《丁酉歌》中记载了出家的过程：“光绪甲申，渡海登普陀，谒大士，猛思出世，锐志学佛。寻師髠短发，俗虑一齐蠲。有時翻贝业，暇则理冰弦。饥餐红粒饭（普陀产皆红米），渴饮白云泉。野衲踪无定，任运且隨缘。”丁亥年，孤峰应东瓯诸绅之请，主席仙岩圣寿寺，修建殿宇。庚寅年，仍返普陀。或住西湖西，湖水清且涟，逍遥自在。
光绪丁酉二十三年，龙游凤梧书院主讲叶元祺、湖镇汪荣封请舍利寺住持振机出面，从西冷邀孤峰上人来龙游。孤峰到龙游后，张芬等诸绅请他主持灵耀寺。此时的灵耀寺，因咸同之乱，正殿起火，山门及两廊寮舍、官厅、方丈均坍圮成为废墟，唯有毗卢阁仅存五楹。然因蚀于蚁蛀，也岌岌可危。
光绪戊戌二十四年春天，毗卢阁西大梁突然断裂，孤峰奔走相告。龙游知县张炤带头捐助俸廉，其他官吏也纷纷慷慨解馕，百姓更是争先恐后。重修毗卢阁大事由孤峰主持，工匠很快就选好大木，但因久旱灵山江干涸出不了山，众人心急如焚，唯孤峰稳如泰山。
次日清晨，晴如往日，孤峰率众僧在山门祷于佛天，燃三柱香，半个时辰后，邑南天色忽变，即大雨，灵山江溪水暴涨。工人速运木料，待十余筏木运到城后，雨旋止，灵山江又干涸如故，众人皆称奇。
重修后的毗卢阁高五十尺，相当于现在的六层楼；中空，卫以雕栏，四周窗牖玲珑，兰宫桂殿，飞阁流丹，檐牙高啄，楹柱粗可合抱。远眺溪山，俯瞰城阙，阴晴雪月，美景无穷。
灵耀寺坐北朝南，有五开间三进二庭院及东西两侧边屋各十五间。头进山门，正中供奉着弥勒佛，左右供奉着四大天王像，背面供奉韦驮天尊像。弥勒佛坦胸露肚咧嘴，正临太平街，过往行人常喜上前一拜，以博弥勒佛开怀一笑。
中进为大雄宝殿。大雄宝殿是举办佛事活动的场所，殿内正中央供奉有释迦牟尼佛、阿弥陀佛、药师佛及十八罗汉，整座大殿开阔疏朗，古色古香。
后进为毗卢阁。毗卢阁供的是毗卢遮那佛，高十余米，全身贴金，体态伟岸，灿耀可鉴。按中国佛教天台宗的说法，毗卢遮那佛是法身佛，卢舍那佛是报身佛，释迦牟尼佛是应身佛。“毗卢遮那”有“光明遍照，遍一切处”的意思，就是指佛的光明普照万方。南方寺院极少有毗卢阁，只有早期等级较高的寺庙才供毗卢遮那佛法身佛。
孤峰擅诗，性高雅，著有《西方乐四十八咏》《孤峰剩稿》4卷。《孤峰剩稿》卷四中就记载有灵耀寺毗卢阁的两幅楹联：
证得理事无碍，体用全彰，者便是华藏庄严世界;
离却三十二相，八十种好，方才见毗卢清静法身。
叹凡夫颠倒愚痴，无端两眼生花，误认那世界身心，以为实有；
唯我佛慈悲喜舍，不惜五乘识法，要度尽卵胎湿化，齐悟真空。
毗卢阁修成后，孤峰在《毗卢阁修成书联志庆》中道：
历周秦汉六朝以来，宫遗姑蔑，剎建灵光，俯仰数千年，几经烽火摧残，幸余宝阁空中立；
当江闽浙三衢之地，施倡宰官，金输善士，庄严刚半载，喜得登临凭眺，奚啻毗卢顶上行。
毗卢阁的东侧是经堂，堂内有释迦牟尼像，罩在二米多高的玻璃框内。另有小门通往“淡泊明志”室，是方丈的住处。室内恬适整洁，外人不得随意出入。旁有小园，有株古桂花树，浓荫繁茂，幽静高雅。知县及以上官员出巡途经龙游时，大多借寓于此。
然世事无常，民国二年，孤峰圆寂于灵耀寺。孤峰与灵耀寺之缘，正如其诗所云：
我本云遊一散人，随缘到处便棲身。
者番拋得西湖去，莫是龙游有夙因。
而我们又何尝不是如此？
2020年12月2日晚
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