美文网首页生物信息学生物信息学从零开始学
查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

作者: 生信雀 | 来源:发表于2020-09-04 00:36 被阅读0次

很多时候,我们需要寻找或者筛选某条序列中存在的重复片段,同时我们事先也不知道有哪些重复片段,以及它们的长度。

相比与其他软件,我更喜欢BioAider里的这个简洁的寻找重复片段的功能。

BioAider V1.314

进入界面:

第一步:输入一条或者多条fasta格式的序列,核苷酸或氨基酸序列均可;

第二步:设置预筛选的重复片段的长度范围,最小长度和最大长度;

第三步:拖入一个用于输出的文件夹或者粘贴一个文件夹的路径到输入框;

第四步:点击运行。

上述的参数筛选结果:

重复片段+位置

一条800多bp的氨基酸序列,大约6秒钟就跑完了。

Nice!

BioAider官网下载地址:https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases/tag/1.314

记得下最新版哦!

相关文章

网友评论

    本文标题:查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/evpasktx.html