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查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

查找核苷酸或氨基酸序列中的重复基序(重复片段)

作者: 生信雀 | 来源:发表于2020-09-04 00:36 被阅读0次

    很多时候,我们需要寻找或者筛选某条序列中存在的重复片段,同时我们事先也不知道有哪些重复片段,以及它们的长度。

    相比与其他软件,我更喜欢BioAider里的这个简洁的寻找重复片段的功能。

    BioAider V1.314

    进入界面:

    第一步:输入一条或者多条fasta格式的序列,核苷酸或氨基酸序列均可;

    第二步:设置预筛选的重复片段的长度范围,最小长度和最大长度;

    第三步:拖入一个用于输出的文件夹或者粘贴一个文件夹的路径到输入框;

    第四步:点击运行。

    上述的参数筛选结果:

    重复片段+位置

    一条800多bp的氨基酸序列,大约6秒钟就跑完了。

    Nice!

    BioAider官网下载地址:https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases/tag/1.314

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