1:Mothur:http://www.mothur.org/wiki/Main_Page-------分析管道
2:QIIME :http://qiime.org/-----分析管道,python编写,
3:Greengene\SILVA\RDP\unite(功能基因)-------参考数据库
4:probeBase http://www.microbial-ecology.net/probebase/-----用于引物查找
5:STAMP http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP------物种分布以及丰度的统计分析
6:usearch http://www.drive5.com/usearch/manual/-------OTU聚类分析
7:megan http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/----物种分析及画图,windows,java编写
8:Galaxy http://galaxyproject.org/ ---------在线分析平台
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