0. NCBI-Taxonomy
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/?term=
和
BLAST+
相关的重要信息:https://www.plob.org/article/9808.html
做
BLAST+
时如果需要输出物种信息,则需要在建立Index
时加入物种信息,则需要prot.accession2taxid
,nodes.dmp
,names.dmp
三个文件:
下载网站:https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/
prot.accession2taxid
: https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz
nodes.dmp
+names.dmp
: https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
1. Species 2000
Species 2000
2. GBIF
GBIF
3. TDWG
TDWG
4. ITIS
ITIS
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