关于 anconda 的介绍和安装我直接贴一个孟浩巍大神的知乎帖子就好了,写的很详细,我也是按照那个方法一步步试下去的。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429
平时在操作的时候会发现有些分析软件的版本没有更新到 python 3 版本,这个时候我们就需要创建一个新的环境来安装软件,有时候整个操作全部都需要在 python 2.7 的环境下运行。
conda create -n python27 python=2.7 #创建一个python2.7的环境
conda activate python27 #进入创建的python27环境,进入环境后就利用相同的方式安装软件就可以了
conda deactivate #退出python环境
还有就是对于创建一个新的工作窗口的问题,这样就可以直接离线操作,会挂在后台自动分析(对于有服务器的人来说是这样子的)
screen -S w1 新建一个w1工作窗口
screen -ls 查看当前所有的运行窗口
screen -d w1 将w1窗口离线
screen -r w1 接入窗口w1
ctrl+A+D 退出当前窗口,回到主界面
screen -X -S w1 删除w1这个窗口
然后再贴一个关于在vim写shell脚本,然后bash运行
vim test.sh #新建一个shell脚本文件
然后在vim中写循环和shell脚本,wq保存(或者shiftzz)
返回窗口后bash test.sh就可运行该脚本
可以用nohup .................& 在后台运行
top可查看后台运行
htop可查看精细运行
1、要求熟练使用vim文本编辑器的输入方式保存方式等
2、for循环,while循环会写
3、正则表达式
3、shell脚本会编写
还有一些其他的常用的 Linux 操作命令(简单的 ls ,cd 那些就不贴出来了)
ps #查看当前终端的任务,kill+编号可以直接删除任务
top #
w #查看登录的人
ls -s -h #查看文件大小
head -n 10 #查看前十行
tail -n
wc -l #查看有多少行
conda config --add channels #添加源
gzip #压缩
gzip -d #解压缩
pwd #查看当前路径
sudo #权限
之后就可以开始“愉快”的生信之旅的,像开始做项目的可以参考我的关于Rnaseq那篇文章,也是我入门跑完整的第一个流程。
完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)
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