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构建生物信息学环境-2 (anconda/minniconda)

构建生物信息学环境-2 (anconda/minniconda)

作者: 奔跑的Forrest | 来源:发表于2020-03-31 16:20 被阅读0次

    关于 anconda 的介绍和安装我直接贴一个孟浩巍大神的知乎帖子就好了,写的很详细,我也是按照那个方法一步步试下去的。
    https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429
    平时在操作的时候会发现有些分析软件的版本没有更新到 python 3 版本,这个时候我们就需要创建一个新的环境来安装软件,有时候整个操作全部都需要在 python 2.7 的环境下运行。

     conda create -n python27 python=2.7  #创建一个python2.7的环境
     conda activate python27  #进入创建的python27环境,进入环境后就利用相同的方式安装软件就可以了
     conda deactivate #退出python环境
    

    还有就是对于创建一个新的工作窗口的问题,这样就可以直接离线操作,会挂在后台自动分析(对于有服务器的人来说是这样子的)

    screen -S w1 新建一个w1工作窗口
    screen -ls 查看当前所有的运行窗口
    screen -d  w1 将w1窗口离线
    screen -r  w1 接入窗口w1
    ctrl+A+D 退出当前窗口,回到主界面
    screen -X -S w1 删除w1这个窗口
    

    然后再贴一个关于在vim写shell脚本,然后bash运行

    vim test.sh  #新建一个shell脚本文件
    然后在vim中写循环和shell脚本,wq保存(或者shiftzz)
    返回窗口后bash test.sh就可运行该脚本
    
    可以用nohup  .................& 在后台运行
    top可查看后台运行
    htop可查看精细运行
    
    1、要求熟练使用vim文本编辑器的输入方式保存方式等
    2、for循环,while循环会写
    3、正则表达式
    3、shell脚本会编写
    

    还有一些其他的常用的 Linux 操作命令(简单的 ls ,cd 那些就不贴出来了)

    ps #查看当前终端的任务,kill+编号可以直接删除任务
    top #
    w #查看登录的人
    
    ls -s -h   #查看文件大小
    head -n 10 #查看前十行
    tail -n 
    
    wc -l  #查看有多少行
    
    conda config --add channels  #添加源
    
    gzip #压缩
    gzip -d #解压缩
    
    pwd #查看当前路径
    
    sudo #权限
    

    之后就可以开始“愉快”的生信之旅的,像开始做项目的可以参考我的关于Rnaseq那篇文章,也是我入门跑完整的第一个流程。
    完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)

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