生物信息学之 anconda / miniconda

之前在构建生物信息学环境里面已经介绍了这个区别，也可以参考这个知乎链接https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429，下面讲的是一些常用命令。

安装conda

wget ftp://gsx.genek.tv/training20200310/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 给一个张旭东老师的好用的脚本，下载下来后
bash xxx.sh # 就能安装 miniconda ,一直回车，yes就行了

安装软件

conda install xxx 安装软件  
conda search xxx 搜索软件  
conda install -c 源 直接指定源安装软件

conda 环境变量的问题

conda info --env # 查看当前 conda 环境
conda env list # 查看当前 conda 环境
conda create -n python27 python=2.7  # 创建一个python 2.7 的环境
conda activate python27  # 进入创建的 python27 环境
conda deactivate #退出python环境

conda 镜像的问题

conda config  # 运行 conda 的 .condarc 配置文件
conda config --show channels # 查看源
conda config --add channels .... # 添加源
可以通过 .condarc 文件修改源  
show_channel_urls: true # 设置搜索时显示通道地址
如果安装的源不生效，可以把 .condarc 文件中的 - defaults 那行去掉（这一行的意思是使用 conda 默认的源）

好用的源

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --set show_channel_urls yes
# 北外的一个源，和清华源差不多但是速度很快