「基因组」hifiasm重大更新：支持Utralong ONT数

hifiasm下载地址

截止今天为止，hifiasm官网更到0.19.3版本(五天前更新！！！)：https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases
2022.11.18号：Hifiasm-0.16.1 (r375)升级到Hifiasm-0.17.4 (r455) beta，截止今天（2023.3.22）升级到Hifiasm-0.19.3-r572；更新2023.4.21升级到Hifiasm-0.19.5-r578，这半年期间保持高频率更新，主要更新是支持超长ONT数据组装，CCS+Utralong ONT混合组装。

组装效果

目前测试，小基因组contig版本简单基因组能够直接组装到染色体水平，CtN50比16版本翻了一倍，直接前几条Ct就是染色体，最终HiC数据可能只是验证一下是否是0 gap基因组（还在分析中），也就是说简单基因组的T2T版本可能都不用其他的补gap软件进行补gap了。

组装建议

目前测试一个小基因组，超长数据necat纠错和HiC数据组装等不同组合测试，最终测试的HiFi+Utralong_nocorrect+HiC数据组合表现较好，得到的contig数目少，基因组N50，最长的conitg序列更长，还是有较多质体或线粒体序列，建议人工比对去除，得到最终的contig基因组。例如shell：

#加hic组装
fa=ccs.fasta
ont=ont.fa
/share/nas1/pengzw/software/hifiasm-0.19.3/hifiasm -o hifiasm.asm -t40 --h1 H0001_good_1.fq.gz --h2 H0001_good_2.fq.gz --ul $ont $fa 2> assemble.log

#不加hic组装
fa=ccs.fasta
ont=ont.fa
/share/nas1/pengzw/software/hifiasm-0.19.3/hifiasm -o hifiasm.asm -t40 --ul $ont $fa 2> assemble.log  

NCBI最新的质体或线粒体库：

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/mitochondrion/'
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/plastid/

其他

同样的数据，不同的组装软件差别其实挺大。目前，已发表这么多基因组，有的可能换换组装软件，提升质量不在话下，所以分分钟又一篇文章了~