提取Rice RNA-seq Database（南方科大）数据
作者:
余绕 | 来源:发表于
2023-08-15 11:45 被阅读0次
1. 数据来源于这个网站，下载水稻所有RNA-seq数据
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2. 准备自己的基因IDs文件, 注意基因是一行，而且空格隔开。
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3. 利用脚本提取所有目标基因的所有样本的表达谱数据
perl extract_SRA.pl ALl_clusterI_genes.txt ../epigenetic_regulators/ALL_PFKM.txt >ALL_clusterI_FPKM.txt
4. 处理提取的数据，把每一列的列名之间从\t换成空格。
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5. 选择自己感兴趣的处理组(来自SRAIDs.xls)，可以选择一个基因在网站进行搜索 下载所有SRA号和对应处理，以方便后续选择。
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6.准备SRA IDs，每个SRA ID一行
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7.提取，注意目前Perl脚本有点bug最后一个SRA提取不到，需要写两遍（仅仅最后一个写两遍）。
perl Ectrac_SRA.pl Title.txt SRAIDs.txt ALL_clusterI_FPKM.txt >Submerge_stress_FPKM.txt
本文标题：提取Rice RNA-seq Database（南方科大）数据
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/gndhmdtx.html
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