学习小组Day3—叶子

文/叶子

以下内容均来自“生信星球”，下图是本节课的思维导图:

一、什么是conda

conda-是“linux的应用商店”

二、miniconda

miniconda是conda的精华版

1.下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.激活

source ~/.bashrc

4.添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

三、使用conda

1.conda list(目录)

生信星球

2.conda search fastqc(搜索软件)

生信星球

3.conda install fastqc -y(安装软件)

4.conda remove fastqc -y(卸载软件)

四、conda环境

1.conda info --envs

2.conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

生信星球

3.conda activate rna-seq

4.conda deactivate

退出当前环境

五、本节课反思

1.拖延症

我在磨叽，我在拖延

2.代码照着写容易，自己想不容易

有时候觉得照着写能复现是一种进步，有时候照着写也弄不出来，但是如果能举一反三，撇开别人代码，自己能想出来就好了。

3.我知道我为啥喜欢报班了

之前我学习喜欢报班，现在想明白了因为不足够自律，还是需要有人监督。