文艺复兴时期，科学家和哲学家中，一个正在成熟的设想是这样一种观点: 宇宙以及它所包含的一切都是由物质实体所组成的。
根据这种想法，每个事物都以有序的和可以预见的方式活动。在上的天体和在下的最小分子全都展示出同样的运动法则，这表明一切事物都遵循某种机械模式。
进而，哲学家们还试图以机械的方式来解释人的思想和行为，而这些思想和行为被较早的伦理学家描述为自由意志的产物。
早在公元前5世纪，德谟克利特就把宇宙中所有的事物都还原为运动中的原子，也就是说，还原为物质。
后来卢可来修（公元前98年-公元前55年）解释了假象何以能够存在。
他描述了这样一种现象: 一个站在山谷这一边的人何以可能把山谷那边的东西看着好像是一片白云，而只有走过去才发现，这所谓的“白云”只不过是一群羊而已。
同样，伽利略也强调了现象与实在之间的不同。现象是由第二性质形成的，而实在是由第一性质所构成的。
他相信，我们不能希望把现象当作是达到真理的可靠途径。例如，我们基于现象的观念，把我们领向一个错误的结论，即太阳围绕着地球转。
同样，一棵树或一块岩石看起来是一个单一的固体，但是实际上它们是由大量的原子所组成的。
对我们来说，可以得到的最精确的知识产生于对运动物体的数学分析，不仅天文学是如此，近在身边的物理学也是如此。
考察过第一和第二性质之间的区别之后，伽利略确实给了人们一个深刻的印象: 只有那些属于物体或物质的性质才具有真正的实在性。
第一性质，诸如大小、位置、运动以及密度是真正实在，因为它们能够以数学的方式加以处理。
相反，第二性质，诸如颜色、气味、情感以及声音，就仅仅存在于意识之中，如果有生命的被造物没有了，那么，所有这些性质也都一扫而光，不复存在了。
牛顿接受了自然是由“微粒和物体”所组成的观点，他表达了这样的愿望，即所有的自然现象都能“由源自机械论原理的同一种推理来解释，因为我有许多理由怀疑它们全部来自某种力量、分子和物体，要么被这种力量推动并凝聚在一个规则的形状之中，要么就被其推动而相互远离。”
因此，牛顿在他的巨著《数学原理》中完善了有关运动法则的早期阐述，这部著作对以后的几代人产生了巨大的影响。
新的科学方法的整体趋势朝向一个关于人、自然和整个人类知识机制的新概念前进。
正如宇宙现在被看成是运动中的物体的一个系统一样，自然之中所有别的方面现在也都被描述成运动中的物体。
人的本性和人的思想不久也被机械论的方式来看待，如果所有的东西都是由运动中的物体所构成的。那么，对这种机械活动据说就必定能够做出数学的描述。
因此，产生于文艺复兴时期的观察和数学的运用，又成为科学思维新方法的组成部分，人们认为: 运用这种方法就能发现新的知识。
文艺复兴时期的科学家的观点是: 中世纪的思想家仅仅是为我们已知的东西弄出了一整套解释体系，并没有为发现新的信息而提供方法。
这种发现精神生动的体现在哥伦布对新大陆的发现中，也体现在艺术、文学和人的尚未运用的官能和能力中对新天地的发现，现在正推动着科学家们去揭示自然结构中的新世界中。
而且，正是这种新的科学态度，对近代哲学的发展起着最直接的影响。
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