准备好迎接3D空间转录组了吗？

作者，Evil Genius

兄弟们，准备好迎接3D空间转录组了吗？

Open-ST: https://rajewsky-lab.github.io/openst/latest/

参考文章Open-ST: High-resolution spatial transcriptomics in 3D(Cell)

空间转录组学(ST)方法的开发和应用得到了极大的发展与标准的单细胞方法不同，ST保留了捕获的转录组的空间背景，因此可以直接观察细胞的排列及其在组织空间中的相互作用。这些数据是理解健康分子机制的基础，对于确定和靶向疾病的分子起源至关重要。

技术包括Visium (Genomics)， CurioSeeker (Curio Bioscience)和Stereoseq (STOmics)基于探针的方法，包括CosMx空间分子成像仪(Nanostring)，分子制图(Resolve Biosciences)和Xenium In Situ (Genomics)，针对预先设计的基因组，因此不适合无偏发现或空间基因分型。

最后，虽然细胞以3D方式运作和交流，构建功能性组织和器官，但目前还没有端到端的平台来生成和计算分析3D的ST.

The Open-ST workflow

Open-ST workflow for high-resolution spatial transcriptomics of segmented single cells in 2D or 3D

Open-ST生成三维虚拟组织块

Open-ST robustly captures transcripts with high efficiency

在小鼠大脑组织中，Open-ST 能够以亚细胞分辨率重建细胞类型。在头颈癌患者的肿瘤组织和健康转移性淋巴结中，该平台捕捉到了免疫、基质和肿瘤细胞群的多样性。它还表明，这些细胞群是围绕原发肿瘤内的通讯热点（communication hotspots）组织起来的，但在转移瘤中这种组织被破坏了。

揭示人组织的空间复杂性

Open-ST accurately dissects cell-type complexity in primary human tissues

揭示肿瘤异质性

Transcriptomic tumor heterogeneity is organized into spatial domains with distinct communication signatures

Open-ST与基于成像的空间转录组学的比较

Open-ST产生的空间基因表达和转录组簇与基于成像的靶向方法相当。

探索3D虚拟组织块:细胞类型，基因程序和受体-配体在3D中的相互作用

研究人员免费提供了整个实验和计算工作流程，以便广泛使用。并且该平台是模块化的，因此可以根据具体需求进行调整。

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