新的序列比对软件---STAR

nohup STAR --runThreadN 10 --runMode genomeGenerate --genomeDir  ./ --genomeFastaFiles ../GRCm38.p5.genome.fa --sjdbGTFfile ../gencode.vM15.annotation.gtf &

这一步类似于bowtie的建库过程

—runMode：运行程序模式，默认是比对，所以第一步这个参数设置很关键

—runThreadN：运行的线程数

—genomeDir：这个参数很重要，是存放你声称index文件路径，需要你事先建立一个有可读写权限的文件夹

—genomeFastaFiles：基因组fasta格式文件

—sjdbGTFfile：GTF注释文件

—sjdbOverhang：这个值为你测序read的长度减1，是在注释可变剪切序列的时候使用的最大长度值

nohup STAR --runThreadN 10 --genomeDir genome/index/ --readFilesIn sequence.fq  --outFileNamePrefix kobe &

—readFilesIn 输出的原始测序数据

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate 输出格式为BAM并排序

--chimSegmentMin20 输出融合转录本，20代表比对的最短的碱基数目

--outFileNamePrefix  输出文件的前缀

--quantMode TranscriptomeSAM  转录本定量