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NAC转录因子家族分析文章解读

NAC转录因子家族分析文章解读

作者: 组学大讲堂 | 来源:发表于2019-05-28 21:23 被阅读4次

    这是一篇今年4月25日发表在BMC Plant Biology(的NAC转录因子家族分析文章,文章内容很简单,一起来看一下具体内容:

    说起基因家族分析,不外乎以下分析内容:

    1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域,鉴定基因家族成员;

    2、预测基因家族成员的顺势作用元件;

    3、构建系统进化发育树;

    4、基因家族成员MOTIF分析及绘图;

    5、基因结构图;

    6、基因在染色体上的位置图;

    7、MCScanX共线性分析,绘制基因组内基因家族成员共线性circos图;

    8、计算串联重复基因的KA/KS;

    9、选定的其他物种进行基因家族成员同源性分析;

    10、结合转录组数据绘制该基因家族的表达量热图。

    那么说到这篇NAC转录因子家族文章,都做了哪些工作呢?

    一、NAC家族基因鉴定

    二、NAC家族基因结构和motif分析

    三、NAC家族系统发育分析

    四、和其他物种的同源性分析

    五、NAC家族加倍事件分析和共线性分析

    六、KA/KS分析NAC家族重复事件

    七、结合干旱和冷胁迫下转录组数据进行NAC家族基因表达分析,并分别挑选基因进行qRT-PCR验

    以上即是该文章的所有实验和分析内容,最后加上相应的讨论,一篇3分2区的文章就完成了,是不是很简单?

    总的来说,这篇文章的分析内容比较常规(全部包含在我们列出的10条分析内容之中),实验方面还是以定量验证为主。这也说明基因家族分析类文章依旧火热,并不过时,不过想发这类文章的朋友还是得抓紧了。

    《基因家族分析》课程链接:

    https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&shareId=1031484705

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