美文网首页生物信息编程科研信息学
【优秀博客目录分享】微生物生态方向

【优秀博客目录分享】微生物生态方向

作者: 沈梦圆1993 | 来源:发表于2019-04-27 23:11 被阅读152次

    今天的优秀博客目录来自lyao222lll的个人博客,看博主写的应该是跟我同一届,但是去年六月份应该已经毕业了。我今天浏览了她的博客,写的内容都非常好、详细、实用,数据、代码、文章的稿件都在博文的开头提供了百度云盘链接,可以看出博主很用心得做写技术文章的整理,代码篇幅稍微长的,应该都要花费不少时间,文章中出现的错误也都会订正。我看的过程中把她的博文目录整理了一下,推荐大家去看下。

    用R进行生态统计进行分析及绘图

    R包ade4进行微生物群落主成分分析(PCA)及ggplot2作图方法示例
    R包vegan进行微生物群落非度量多维尺度分析(NMDS)及ggplot2作图方法示例
    R包vegan进行微生物群落主坐标分析(PCoA)及ggplot2作图示例
    R包randomForest的随机森林方法鉴定组间代表物种并进行样本分类
    R包vegan执行群落结构差异检验之相似性分析(ANOSIM)
    R包vegan执行群落结构差异检验之置换多元方差分析(PERMANOVA)
    R包vegan执行群落结构差异检验之MRPP分析
    分子方差分析(AMOVA)在mothur程序或R的ade4包中实现
    R包DESeq2进行微生物群落物种丰度差异分析及ggplot2绘制差异火山图
    R语言中相关图的绘制方法简介
    R语言运行相关性分析
    两组间差异的非参数检验之wilcox秩和检验在R中实现
    两组间差异分析之t检验在R中实现
    R包vegan运行微生物群落去趋势对应分析(DCA)示例
    R包ade4运行多重对应分析(MCA)的方法简介
    R包ade4运行模糊主成分分析(FPCA)及模糊对应分析(FCA)的方法简介
    R包mixOmics进行微生物群落偏最小二乘判别分析(PLS-DA)
    R包ade4进行微生物群落对应分析(CA)及ggplot2作图方法示例

    用ggplot进行绘图

    使用R的circlize包绘制样本-物种丰度关联circos弦状图
    在ggplot2中绘制双坐标轴(Y轴)的方法
    在ggolot2中使用椭圆或多边形为PCA、PCoA、NMDS等排序图添加分组
    ggplot2绘制物种丰度堆叠面积图示例
    R语言绘制物种丰度星图示例
    微生物群落分析中的三元相图在R中的几种绘制方法示例
    R语言绘制箱线图和小提琴图作图示例
    在R中绘制物种丰度饼图(扇形图)的几种方法示例
    ggplot2中镜像柱状图的绘制方法示例
    R包Tax4Fun基于16S物种丰度预测细菌群落代谢功能及统计作图的一个简单实例
    在R中绘制物种堆叠柱状图的方法示例
    关于在ggplot2作图中做到坐标原点对齐至(0,0)点(作图区与坐标轴无间隙)
    基因组GC含量-测序reads深度分布图(GC-Depth分布图)评估基因组组装质量
    绘制韦恩图(Venn plot)和花瓣图(Flower plot)的几个常用R包及在线网站
    关于在ggplot2中绘制截断坐标轴的方法

    Python3的编程实战

    python3生信入门-提取fastq文件中的序列并转为fasta格式
    python3生信入门-统计fasta文件中,每条序列的长度或GC含量
    python3生信入门-基因组fasta基本信息统计(序列数、总长度、GC含量、N50、L50等)
    python3生信入门-根据指定碱基长度,合并或分割fasta文件中的每条序列并按行排列输出
    python3生信入门-滑动窗口统计基因组fasta文件中各序列的各碱基(如GC碱基)平均含量
    python3生信入门-根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息替换参考基因组中相应位置的单碱基
    python3生信入门-根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

    写在最后

    对于许久没有输出的我,表示深感惭愧,这一年来没有输出的我感觉浑身不得劲。说是在准备文章发表,但是文章一直进展缓慢,我找前辈师兄聊天,他说这是正常的,我也得到了些许安慰。给自己定个目标,今年要重新开始写作输出,不管是技术、生活、情感类的,只有这样才能给自己前进的动力去面对枯燥、无力的科研生活!

    我的微信公众号

    如果实在有需要请给我发邮件:mengyuanshen@126.com
    也可以关注我的公众号:沈梦圆(PandaBiotrainee)

    相关文章

      网友评论

        本文标题:【优秀博客目录分享】微生物生态方向

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ibglnqtx.html