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查看基因表达谱数据是否需要log2变换

查看基因表达谱数据是否需要log2变换

作者: 淡水鱼Ada | 来源:发表于2020-03-01 00:05 被阅读0次

代码如下:

ex <- exprSet
qx <- as.numeric(quantile(ex, c(0., 0.25, 0.5, 0.75, 0.99, 1.0), na.rm=T))
LogC <- (qx[5] > 100) ||
  (qx[6]-qx[1] > 50 && qx[2] > 0) ||
  (qx[2] > 0 && qx[2] < 1 && qx[4] > 1 && qx[4] < 2)

if (LogC) { ex[which(ex <= 0)] <- NaN
exprSet <- log2(ex)
print("log2 transform finished")}else{print("log2 transform not needed")}

来源:果子学生信
https://mp.weixin.qq.com/s/kTFNOrLfwz1pND877V8F5A

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