进化树+蛋白结构域

目标

数据准备

依然查看help界面的Protein domains

在上传数据的时候我们发现多了按钮，可以从PFAM上上传数据，evolview使用的标签名必须与PFAM的URL API 是一样的

手动上传

示例数据

KLF9_HUMAN 244 189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80 159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0036,27.00

tab分割

第一列，基因名，第二列，长度，第三列（189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80），结构域信息，用逗号分割，一共有八个内容，如果有多个结构域，就用空格添加多个

其实结构与信息也不用全部加上，这样的例子也可以

159,186
159,186,WD40
159,186,WD40,Pfam-A
159,186,,Pfam-A
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465   中间有内容缺失要补上逗号
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,,0.0036,27.00
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0036,27.00

还有一些对输出图形的属性更改

使用示例数据作图

成品图

可以看到我没有添加group和color，系统会自动给我分类并用不同的颜色显示

还有个方法，我们可以去看示例数据的图比如DEMOS下的protein domains

查看该进化树的protein domain信息，可以为我们的作图提供帮助

其他的进化树美化方法可以自己去参考help界面寻找帮助

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转载请注明：周小钊的博客>>>进化树+蛋白结构域