先提上昨天跑的程序的报错信息：这个是跑了一半之后，报错然后退出了
picard的报错信息
根据报错信息的提示：说是我的碱基信息和质量信息不相符，我看了一下碱基信息150bp，质量信息140个。但是这是SAM文件里的信息，所以还是得回溯到fq文件中看看原始的情况
zcat ./BCA0106_R2.fq.gz | grep "E00492:317:HLG2MCCXY:3:1201:26869:33973" -C 4 >shuchuR2.txt
可以利用zcat这个linux命令查看gz文件的内容，然后带上grep函数，-c是可以看前后4行，输出到输出的一个txt文件夹中。
我分别在质控前和质控后的文件都用zcat命令看了，进行比较。
1：用zcat跑完的结果
质控前R2 的reads的信息
质控前R1 的reads信息
这个都说明公司测序的数据没有问题
问题解决方案：我还是回溯到最原始的方法，先samtools 然后输出到bam文件，再对bam文件进行排序（其实有优化代码）
bwa mem -t 8 -M -Y -R "@RG\tID:L1\tSM:BCA0106-2\tLB:WGS\tPL:Illumina" /asnas/sunyl_group/liull/Database/hg38/chroms-index/hg38.fa /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/1_qc/output_BCA0106_Rnas2_paired.fq.gz /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/1_qc/output_BCA0106_R1_paired.fq.gz | samtools view -Sb - > ./BCA0106.bam
samtools sort -@ 8 -m 10G -O bam -o /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/2_BWA/BCA0106.paired.sort.bam /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/2_BWA/BCA0106.bam
先是用samtools先把bam文件生成，利用了管道符，避免了中间的sam文件的生成
。前面这个命令跑的时间很久，大概16个小时。
如果内存足够大的话，推荐下面的优化代码
bwa mem -t 8 -M -Y -R "@RG\tID:L1\tSM:BCA0106-2\tLB:WGS\tPL:Illumina" /asnas/sunyl_group/liull/Database/hg38/chroms-index/hg38.fa /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/1_qc/output_BCA0106_Rnas2_paired.fq.gz /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/1_qc/output_BCA0106_R1_paired.fq.gz | samtools sort -@ 8 -m 10G -O bam
- > /asnas/sunyl_group/liull/twins_WGS/BCA0106/2_BWA/BCA0106.paired.sort.bam
无奈要求内存和线程，带不起来会报错。百度了一遍不是很懂文件的信息，求大神翻牌求教
.e文件信息
网友评论