linux如何安装软件

1.了解conda

conda是涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda级别低于conda
miniconda主要负责生信领域

2.下载

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
-进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

-接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

-安装最新版本（latest）

-右键-复制下载链接
登陆服务器，进入biosoft目录 [自己新建一个]
输入时用自动补全功能，在home目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐

cd ~/biosoft
wget 刚才你复制的下载链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装miniconda

安装代码 **bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh **

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
看到“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了
程序让你enter就enter，让你yes就yes

成功显示thank you for installing
激活代码source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功

4.添加镜像

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

5.使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
2. 搜索conda软件 conda search fastqc (数据质控软件fastqc)
   3.安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】

·默认安装最新版本，或者，需要安装指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y·
4.卸载软件 conda remove fastqc -y

6.conda 环境 即软件不同的分身

1.查看当前conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
显示默认环境base

2.先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.再次查看一下conda环境
conda info --envs
默认环境还是base
4.激活新的conda环境
conda activate rna-seq ，默认环境为rna-seq
用户名root前面出现了(rna-seq)
5.退出当前环境，就运行conda deactivate