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「生信软件」好用的细菌基因组组装与注释软件

「生信软件」好用的细菌基因组组装与注释软件

作者: 你猜我菜不菜 | 来源:发表于2020-07-19 17:47 被阅读0次

1. Spades

细菌基因组组装最佳软件(主观感受),可进行二代组装,三代组装以及二代三代混合组装。

2. Unicycler

基于Spades 软件进行了改进,也可进行二代组装,三代组装以及二代三代混合组装,需要二代三代混合组装推荐使用它。

3. Shovill

基于Spades 软件进行了改进,组装速度更快,但只能用于二代数据组装。

4. prokka

细菌基因组基因注释最佳软件(主观感受),作为本地版软件注释速度和质量很不错,注释比较好的在线软件 ncbi/pgap, RASTPATRIC, 在线软件递交任务麻烦并且注释花费时间长,大量注释细菌基因组不现实,且一些参数不够灵活。

5. Dfast_core

这个软件最先出的在线版,后来出了这个本地版本,注释速度和质量跟prokka差不多。

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