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双样本孟德尔随机研究随笔记录

双样本孟德尔随机研究随笔记录

作者: young5100 | 来源:发表于2023-04-15 22:56 被阅读0次

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    rm(list = ls())
    getwd()
    setwd("D:\\科研——实验与课题\\孟德尔随机研究\\R目录")
    install.packages("remotes")
    library(remotes)
    install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
    library(TwoSampleMR)
    #读取暴露相关的SNP
    exposure_dat <- extract_instruments(outcomes = "ieu-a-2",
                                        clump = TRUE,r2=0.0001,kb=1000,
                                        access_token = NULL)
    write.csv(exposure_dat,"exposure_dat.csv")
    #结局
    outcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, 
                                        outcomes = "bbj-a-109")
    write.csv(outcome_dat,"outcome_dat.csv")
    #合并数据,action = 3去除回文序列
    dat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat,action = 3)
    res <- mr(dat)
    

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