Crossa, J., Pérez, P., Hickey, J., Burgueño, J., Ornella, L., Cerón-Rojas, J., Zhang, X., Dreisigacker, S., Babu, R., Li, Y., Bonnett, D., and Mathews, K. 2014. Genomic prediction in CIMMYT maize and wheat breeding programs. Heredity 112(1): 48–60. doi:10.1038/hdy.2013.16.

CIMMYT玉米和小麦育种中的基因组预测

基因组选择（GS）已在动植物物种中得到应用，被认为是促进遗传增益的有效工具。根据所评估的预测问题和其他一些因素，如性状遗传力、预测个体与用于训练预测模型的个体之间的关系、标记的数量，植物基因组预测的准确性已经达到了不同的水平，样本量与基因型x环境互作（GE）。本文的主要目的是描述国际玉米和小麦改良中心（CIMMYT）玉米和小麦育种计划中基因组预测的结果，从最初使用系谱和标记信息评估不同模型的预测能力到现在，在实际的全球玉米和小麦育种计划中实施GS的方法正在研究和研究中。结果表明，当一个整体种群是待评估的预测问题时，系谱（种群结构）在预测精度中占有相当大的比例。然而，当预测使用不相关总体来训练预测方程时，预测精度变得微不足道。当基因组预测包括建模GE时，可以通过从相关环境中借用信息来提高预测精度。关于如何将GS纳入CIMMYT的玉米和小麦计划的几个问题仍然没有答案，有待于进一步研究，例如，在相关的双亲杂交组合内部和之间的预测。植物育种群体中GS育种值成分的量化研究有待进一步深入。
关键词：贝叶斯套索；国际玉米小麦改良中心；基因组选择；基因型x环境互作；再生核Hilbert空间回归

导言

在植物中，数量性状位点（QTL）定位始于20多年前（Bernardo，2008），并已成功地应用于一些非复杂性状的遗传分析，特别是非生物和生物耐逆性状的遗传分析，其中许多遗传变异是由一个或几个位点调节的。这导致在农民的农田中广泛部署了等位基因，这些等位基因赋予水稻抗淹水和抗盐能力，以及小麦和玉米抗真菌叶病能力，并识别和动员具有重大影响的等位基因。然而，利用QTL对更复杂的性状进行预测，以便在实际育种计划中进行选择，其影响有限，因为除其他因素外，由于所使用的模型，QTL所占的遗传方差较小，而且由于许多检测到的QTL是特定遗传背景的。