使用基因组预测重新审视杂交育种设计：模拟凸显了隔离家族之间不完析因的优势优于跨界设计

摘要

关键信息

模拟表明，与两个基于测交的设计相比，分属两个杂种群的家系之间的不完全析因交配设计所产生的杂种性能能够更有效地校准杂种价值的基因组预测。

摘要

基因组选择通过用基因组预测取代杂种组合的广泛表型分型，提供了重新审视杂种育种的新机会。关键的问题仍然是确定校准基因组预测模型的最佳设计。我们建议使用隔离种群之间不完全因子设计的单杂交种，并将此策略与基于Topcross评估的传统方法进行比较。模拟了两个多亲分离的品系群体，每个群体特定于一个杂种群体。使用以下方法生成被视为训练集的杂种：（1）来自相反组的亲本系作为测试者，或者（2）按照不完全的析因设计。通过考虑模拟QTL的不同水平的群体分歧和优势效应，对不同的特殊配合力（SCA）比例进行了模拟。对于不完整的因子设计，对于相同数量的杂种，我们考虑了不同数量的亲本系和系对校准杂种的不同贡献（一到四种）。我们评估了不同的训练集大小，预测了三代新杂种的预测准确性和遗传增益。在给定的训练集大小下，析因设计的效率（考虑准确性）与加性场景中的测交设计一样有效，但是当存在SCA时，其性能大大优于测交设计。每个亲本系对不完整析因设计的贡献数对准确性的影响很小。