01 综合性数据库
http://www.bioinfo.wsu.edu/ 作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库
https://www.agbiodata.org/ 农业生物数据库和相关资源综合平台
https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html 植物比较基因组学资源库
http://www.plantontology.org 集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台
http://harvest.ucr.edu/ 作物EST序列及相关分子信息数据平台
http://www.gramene.org/ Gramene：用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台
https://www.uniprot.org/ 蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台
http://urgi.versailles.inra.fr/ URGI：针对有农学意义的植物研究生物信息平台
http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php# agriGO：GO分析工具包和数据库综合平台
http://www.bioinformatics.nl/AraQTL 基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库
http://www.plantgdb.org/ 植物基因组序列数据库
https://mpss.danforthcenter.org/index.php 二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源
http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp 植物基因组数据库
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 植物snoRNA基因数据库
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库
http://metacrop.ipk-gatersleben.de 作物代谢途径数据库
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome 植物器官研究数据库
http://www.drastic.org.uk 植物细胞的信号转导分析数据库
http://www.pathoplant.de 植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 植物转录因子数据库
http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ 植物转录因子数据库
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1 作物EST数据库
https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace 植物顺式调控DNA元件数据库
https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/ 植物线粒体蛋白运输元件数据库
http://www.mirbase.org/ 生物microRNA数据库
https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm FAT-PTM：用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/ 谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库
http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx 拟南芥和玉米蛋白质组数据库
http://atted.jp/ ATTED-II ：基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库
http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/ 植物Circular RNAs数据库
http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi 植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息
https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php 植物性状全球数据库
http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/ 植物基因和基因组重复的数据库
http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA数据库
http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl 植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站
http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD 植物非编码RNA数据库
http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB 植物长非编码RNA数据库
http://prgdb.org/prgdb/ 植物抗病R基因数据库
https://www.inetbio.org/aranet/ 拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库
http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page 基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库
http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi 植物启动子数据库
02 拟南芥数据库
http://rarge.gsc.riken.jp/ 拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库
http://www.athamap.de/ 拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库
https://www.gabi-kat.de/ 拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库
http://www.plprot.ethz.ch/ 拟南芥质体蛋白数据库
http://seedgenes.org/ 拟南芥发育关键基因数据库
http://suba.live/ 拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库
http://travadb.org/ 基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库
http://atrm.cbi.pku.edu.cn/ 拟南芥转录调控图谱数据库
http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/ 拟南芥根部单细胞RNA测序数据库
03 水稻数据库
http://www.ricedata.cn/index.htm 国家水稻数据中心
https://omictools.com/bgi-ris-tool BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ 粳稻日本晴基因组注释计划
http://rice.plantbiology.msu.edu/ 粳稻日本晴基因组注释计划
http://redb.ncpgr.cn/ 水稻EST数据库
http://rmd.ncpgr.cn/ 水稻突变体数据库
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 水稻功能基因组表达数据库
https://tos.nias.affrc.go.jp/ 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/ 水稻T-DNA插入突变数据库
http://server.ncgr.ac.cn/ricd/ 籼稻cDNA数据库
https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/ 水稻遗传学和基因组学数据库
https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/ 水稻基因共表达数据库
https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/ 水稻糖基转移酶数据库
http://rice.hzau.edu.cn/rice/ 籼稻基因组的综合生物信息学平台
04 其他作物数据库
http://www.wheatgenome.org/ 小麦基因组信息数据库
https://wheatproteome.org/ 小麦蛋白质组数据库
http://wheat.pw.usda.gov 小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库
http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi 大麦种质资源和基因组分析数据
https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10:::::: 大麦基因组资源平台
http://maize.jcvi.org/ 玉米基因组数据库
https://www.maizegdb.org/ 玉米基因组和遗传分析平台
https://www.panzea.org/ 玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库
https://soybase.org/ 大豆基因组学和分子生物学数据库
http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi 大豆蛋白质组数据库
http://www.ildis.org/LegumeWeb/ 国际豆科植物数据库和信息服务
https://www.cottongen.org/ 棉花基因组学，遗传学和育种数据库
http://ted.bti.cornell.edu/ 番茄功能基因组数据库
https://www.inetbio.org/tomatonet/ 番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台
https://solgenomics.net/ 茄科物种基因组测序数据库
http://tropgenedb.cirad.fr/ 管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库
http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml 药用植物基因组和代谢组资源库
http://gabipd.org/projects/Pomamo/ 马铃薯生物信息数据库
http://vitisgdb.ynau.edu.cn/ 葡萄育种和遗传信息综合数据库
http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/ 谷子功能基因组学数据库
http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/ 辣椒基因组信息数据库
https://www.inetbio.org/wheatnet/ 面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库
http://brassicadb.org/brad/ 重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库
05 生物信息学工具
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ TargetP：亚细胞定位/N端功能肽预测
http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ EasyGo：提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息
http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART：蛋白保守结构域预测工具
http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html GenAlEx：群体遗传分析软件
https://mapman.gabipd.org/mapman-download/ MapMan：适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架
https://genevestigator.com/ GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台
http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm BAR：植物生物学分析工具平台
http://skl.scau.edu.cn/ CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包
http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/ CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包
https://www.michalopoulos.net/act/ ACT：拟南芥共表达分析工具
http://orygenesdb.cirad.fr/ OryGenesDB：用于水稻反向遗传学研究的交互式工具
http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress T-DNA Express：拟南芥基因定位工具
http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/ pssRNAit: 通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA
http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/ DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具
https://github.com/srbehera11/stag-cns STAG-CNS：一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具
http://www.hi-tom.net/FED FED：基因组编辑外源成分检测平台
https://m2sb.org/ GeneCloud：使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述
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