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可能会用到的R语言包(持续更新)

可能会用到的R语言包(持续更新)

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2019-05-13 21:41 被阅读21次

    rPlotter

    非常方便的在图片中抽提颜色

    devEMF

    Rstudio不能够直接输出emf格式图片,借助devEMF包可以实现

    简单用法

    library(devEMF)
    emf("bar.emf")
    plot(1,1)
    dev.off()
    

    或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行

    library(ggplot2)
    ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1))
    savePlot(filename="practice",type="emf")#文件名不用添加后缀
    

    SRAdb

    在生信技能树论坛闲逛的时候发现有人分享的文章,自己记录下来,可能会用到;这个包用来下载测序的原始数据文件,之前自己都是用Aspera来下载,速度很快,不知道这个R包的下载速度如何,有机会尝试一下;使用bioconductor安装,使用方法可以参考帮助文档

    diagram

    visualising simple graphs, flowcharts, and webs

    GDCRNATools

    看到简书作者 土豆学生信 分享的文章 TCGA工具-GDCRNATools学习笔记 。记录的原因是看到文章里非常漂亮的热图,可能会用的到。

    export 包

    Y叔公众号biobabble分享的文章《我不会用illustrator,只会用PPT》,主要功能是可以将R生成的图片导出为ppt, word, excel等格式

    ballr

    可以抓取NBA的数据

    pacMethods

    A collection of PCA methods http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pcaMethods.html

    ggbiplot

    https://github.com/vqv/ggbiplot 展示PCA分析结果,出图非常漂亮 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78863454 详细介绍

    skimr

    skim()函数简单理解是summary()函数升级版

    ggstatsplot

    Y叔公众号 biobabble 分享的文章《一条指令把统计+画图都给做了?似乎太美好!》推荐 ggstatsplot,吐槽 ggpubr

    vcfR

    vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF files.
    https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ 帮助文档

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