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FastQC样本太多,不想一个一个查看?

FastQC样本太多,不想一个一个查看?

作者: 这是李金辉呀 | 来源:发表于2021-02-13 15:38 被阅读0次

    手里样本数量比较多,fastqc生成报告如果想要一个一个查看,那么需要花费大量的时间。
    我们使用一个工具:multiqc
    使用conda安装:

    用法:
    1.安装fastqc与multiqc:

    wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
    # 解压fastqc
    unzip fastqc_v0.11.5.zip
    # 赋与fastqc可执行权限
    chmod 755 FastQC/fastqc
    
    
    conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc
    multiqc --help # 运行
    

    2.然后再执行fastqc和multiqc主程序

    fastqc  -t 2 *.fq.gz   #-t为设置线程数,可以设置为样本数目,有多少样本,开多少线程。fastqc加上安装路径;-o后为输出目录 -o ./out
    multiqc -p --export   *fastqc.zip
    

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