食品污染分为生物性污染、化学性污染、物理性污染。
其中微生物污染是最常见的食品安全问题。
分为三大类：致病性微生物污染（沙门氏菌、禽流感、黄曲霉毒素等），相对致病微生物（大肠杆菌），非致病性微生物，如假单胞菌属、微球菌属、乳杆菌属等绝大部分食品细菌。
食品中的水分、ph值、渗透压、生物结构、还有环境温度、氧气、湿度都是决定着微生物生长繁殖的必要条件。
评价食品卫生质量首先要看菌落总数（反映食品清洁状态、污染程度，预测耐保藏性），大肠菌群（反应受到人或温血动物粪便污染情况、提示肠道致病菌污染食品）
真菌毒素是指真菌在食品中产生的有毒代谢产物。通常耐高温，主要侵害肝肾等实质器官。
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