今天的主题——Linux如何安装软件

初识CONDA

CONDA、MINICONDA、ANACONDA关系图

参考生信小白第3天-linux的App Store

conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙。
miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域。

MINICONDA安装

清华大学开源软件镜像站

1.选择版本

查看Linux服务器多少位uname -a

2.安装最新版本(latest)

下载wget
安装bash
激活source ~/.bashrc #貌似还有偷懒的模式，. ./activate再试试

3.添加镜像

eg.使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

熟悉MINICONDA

1.查看当前所有软件列表

conda list

2.在MINICONDA中安装软件

eg.安装数据质控软件fastqc
conda install fastqc -y #-y自动安装
conda install fastqc=0.11.5 -y #安装指定0.11.5版本软件
conda remove fastqc -y #卸载软件

3.MINICONDA环境

(1)查看默认环境

conda info --envs #前面带*的就是默认的。

(2)新建一个环境

感觉像新建一个project？
eg.新建一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
第一步
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
第二步 激活新的环境
conda activate rna-seq

(3)退出CONDA环境

conda deactivate #强迫症啊，bio05前面的(环境名)不用的时候看着别扭:)

退出CONDA环境