pathview包的使用心得

推荐一个网址，立志于学习此包的伙伴。

可视化kegg通路-pathview包，这个网页的下边还有关于这个包的使用说明书，很全，帮助你更好深入学习。

我没有使用这个包是因为找到了一个替代品。pathview的替代网页版本，同一作者开发。网页版介绍详情，只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper和标书。

我使用GEO2R下载的差异基因，没有下载表达矩阵，R包要求输入表达矩阵的各个样品表达量，GEO2R只有logFC。

并且在网站处理的时候，也是如此，所以我在表格中设置参照组为1，完美解决问题。.

我同时选择了5条通路，并且改变了color bar 的limit把参数值展现更清楚。