3D百文6-TAD识别计算方法的比较

Comparison of computational methods for the identification of topologically associating domains | Genome Biology | Full Text (biomedcentral.com)

染色质折叠引起结构元件，其中是密集相互作用的 DNA 区域簇称为拓扑缔合结构域(TADs)。TADs 的特征跨越了多种物种、组织类型和分化阶段，有时与生物功能的调节有关。这些发现的可靠性和重复性与通过高通量染色质构象捕获(Hi-C)实验正确鉴定这些结构域密切相关。

在这里，我们测试和比较22个计算方法，以识别在20个不同条件下的 TADs。我们发现，TAD 的大小和数量在调用者和数据分辨率之间存在显著差异，这对平均 TAD 大小的定义提出了挑战，但强化了 TADs 是层次化组织的域而不是不相交的结构元素的假设。这些方法的性能基于数据分辨率和规范化策略不同，但是一组核心 TAD 调用方始终检索可重复的域，即使在较低的测序深度，这些域丰富了 TAD 相关的生物特征。

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