主要来源：兄弟连Linux视频教学、Linux操作与生物信息——基因学苑
2021.2.18

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1. 软件安装核心思想

• Linux在开机之后，每输入一个命令，系统会自动从相应的环境变量配置文件中搜索该命令，如果能够找到该软件的路径，则能正常使用
• 任何情况下，用该软件的绝对路径都可以运行该软件
• Linux下的软连接和Windows下的快捷键功能类似，常用的方法是创建软件的软连接并将其添加到环境变量中

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2. 软件的类型

1. 二进制文件，该类型软件解压缩后可直接运行
2. 需先编译成二进制文件才能运行的软件

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3. 软件安装的常用方法

3.1 conda安装

    bioconda类似于一个第三方管理的生物信息安装商店，解决了常见依赖包的安装问题，通过conda安装的软件，默认已经在环境变量中了

3.2 Ubuntu中用sudo apt-get install安装

    通过conda安装的软件，默认已经在环境变量中了。

3.3 解压缩文件后进行编译安装

    通常改类文件解压缩后会出现configure、INSTALL、README等文件，可以通过浏览这些文件进行安装。大多数该类文件安装分为三步：

./configure
make
make install

    编译安装的软件直接添加到了环境变量中

编译安装过程中可能需要用到root权限

3.4 二进制文件解压缩后添加到环境变量

3.4.1 将软件目录添加到环境变量中

    解压缩软件之后，可将该二进制文件所在目录直接添加到环境变量中
例如：软件seaview的二进制文件所在目录为：~/software/seaview/bin，可将其直接添加到环境变量中。

3.4.2 创建软链接

第一步：在家目录下创建一个隐藏目录.soft

mkdir .soft

第二步：将文件添加到环境变量中

vi .bashrc
在最后一行添加：export PATH= "~/.soft:$PATH"

第三步：建立应用软件的软链接到该隐藏目录

ln -s <二进制文件所在路径> <~/.soft>

/表示根目录，~表示家目录等同于/home/用户名
二进制文件所在路径要包含软件完整的的二进制名称