day30 ChIP-seq UCSC可视化

作者: meraner | 来源:发表于2022-06-22 12:58 被阅读0次

day30 ChIP-seq UCSC可视化
bam2bw
UCSC Cell Brower||单细胞数据交互式查询网站
bam格式转bigWig
deeptools可视化
UCSC Genome Browser 使用之本地数据上传CyV
UCSC Genome Browser数据库
UCSC-browser学习：创建自己的track hubs
hbctraining-Introduction to ChIP
HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

参考教程：
https://blog.51cto.com/u_15127592/2674467
相关教程：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/437506278
https://www.sohu.com/a/500235066_121228254一、准备文件

二、操作
地址：http://genome.ucsc.edu/
首先点击My Data中的My Sessions进入页面。
sign up，账号zmeraner，密码同邮箱。
速度慢的可以。
在saving session里面把new session的名字设定为 ChIP-seqtest，并点击submit。

image.png
点击ChIP-seqtest，进入到UCSC Genome Browser on Mouse (GRCm38/mm10)界面。
点击add custom tracks，上传自己的数据。

image.png

day30 ChIP-seq UCSC可视化
参考教程：https://blog.51cto.com/u_15127592/2674467[https://bl...
bam2bw
ref：bam2bw,上传ucsc可视化 - 简书 deeptools Installation conda in...
UCSC Cell Brower||单细胞数据交互式查询网站
推荐一个单细胞数据交互式可视化软件：Cell Browerhttp://cells.ucsc.edu/[http:...
bam格式转bigWig
当我们需要在UCSC browser中可视化的时候，将bam文件转化为bigwig文件会更加方便。而deeptoo...
deeptools可视化
ref1：deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 | 生信菜鸟团 ref2：如何使用deeptoo...
UCSC Genome Browser 使用之本地数据上传CyV
最近尝试在线使用UCSC Genome Browser进行转录本的可视化，原以为它会和本地IGV的使用差不多，没想...
UCSC Genome Browser数据库
网址 https://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser： UCSC基因组...
UCSC-browser学习：创建自己的track hubs
在看paper的时候，经常会有这种图：这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的，我们可以将数据传...
hbctraining-Introduction to ChIP
Introduction to ChIP-Seq definition ChIP-Seq, aiming to ...
HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用
欢迎关注”生信修炼手册”! HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用，参考UCSC基因组浏览器和juic...