RNA-seq paire-end 批量递交任务

最近在研究bacteria map，涉及获取unmap的bam文件所以随手写了批量递交代码，我这里用的是HPC batch任务递交系统，使用的软件是picard，只是举例，其他软件只要改软件参数就行。

#!/bin/bash
#this script is for Generate an unmapped BAM from FASTQ
module load picard #导入模块，batch job 递交系统所需
for i in $(ls *.gz $pwd | sed s/.trimmed_R[12].fq.gz// | sort -u); #对pair end trimmed reads 进行排序
do
java -Xmx19G -XX:ParallelGCThreads=19 -jar ./picard.jar FastqToSam F1=./${i}.trimmed_R1.fq.gz F2=./${i}.trimmed_R2.fq.gz O=../../uBAM/${i}_fastqtosam.bam SAMPLE_NAME=${i} PLATFORM=illumina
done