1 命名规则统一前的miRNA命名情况
最早发现的几个miRNA基因根据其表型分别被作者命名为lin-4（第一个发现的miRNA）、let-7（第二个发现的miRNA）、lsy-6，其它发现的miRNA则进行系统命名。
2 动物miRNA的命名
2003年，以Vector Ambros为首的科学家联合发表了一个miRNA鉴定、注释及命名的规则。miRNA的命名以“miR”为前缀，再加唯一的基因发现顺序的数字（如miR-1，miR-2等）；相应的miRNA编码基因用小写字母及斜体表示（如mir-1，mir-2）；不同物种中相同或相似的miRNA用相同的名字命名（如果蝇与秀丽线虫的miR-1相差一个碱基，但均命名为miR-1）；同一物种相同的miRNA命名相同，加数字后缀区分不同的基因组位点（如果蝇的mir-6-1、miR-6-2表示这两个miRNA基因在基因组不同位置，但均能产生相同的成熟miRNA序列）；同一物种中相似的miRNA命名相同，但是给以不同的小写字母后缀进行区分（如果蝇的miR-13a及miR-13b）。
Griffiths-Jones于2004年对miRNAs的命名进行了进一步补充，miRNA的初级转录前体称为pri-miRNAs；发卡结构（hairpin）的直接前体称为pre-miRNAs。对于来自同一pre-miRNA前体的两个miRNA，用类似miR-56及miR-56表示，其中带号的miRNA表达量较低，属隐形表达（后来发现用*代表表达量不准确，此种表示方法也废除，同时废除的还有miR-142-s及miR-142-as这类表示方法），现在统一用miR-142-5p及miR-142-3p的形式表示两个miRNA分别来自同一发卡前体的靠近5’或3’的茎。在miRBase中记录的miRNA如果重新命名，则其之前的名称可在“Previous IDs”项查看。miRNA前体也用斜体表示，要依据上下文判断所指代到底是miRNA基因还是所预测前体（如用mir-16表示其基因及所预测的前体）。
Griffiths-Jones等2006年进一步补充，在表示不同物种的相同或相似的miRNA时，其前面加上3-4个字母的代表物种的前缀表示（如来自人类的hsa-miR-101与来自小鼠的mmu-miR-101）。
以上的命名规则，Griffiths-Jones等2008进行了进一步确认。
另外，由于人类的miR-548基因家族成员目前已知有80个，这样在用字母进行不同家族成员区分的时候单字母（仅有26个）已经不够用，因此人类的miR-548家族成员可以看到有双字母存在的情况，如has-miR-548aa，has-miR-548az-5p。
3 植物miRNA的命名
植物的miRNA基因命名与动物的miRNA命名类似，但也有有明显的区别：
首先植物的miRNA基因命名以物种前缀+MIR（全大写字母，与动物有差异）+数字组成，如ath-MIR166a；
其次，同一植物基因组不同位点产生相同或相似的成熟miRNA均增加一个字母进行区别，不用数字后缀，如ath-miR166a，这种规则会导致相同的成熟miRNA 序列，然而由于其基因在基因组的位点不同，而名称不一样，如ath-miR156a-5p位于2号染色体、ath-miR156d-5p位于5号染色体，但两者序列一致。
第三，植物的miRNA前体序列较长（约200bp），而动物的miRNA前体较短（约100bp），这样导致植物的一个前体序列（pre-miRNA）可产生两个以上不同的miRNA，如拟南芥ath-MIR829基因，在前体的5‘端有一个miRNA（ath-miR829-5p），而在其3’端有两个miRNA，这两个miRNA分别命名为ath-miR829-3p.1、ath-miR829-3p.2。
4 病毒的miRNA命名
病毒的miRNA基因是以其来源的遗传位点命名，如来自Epstein Barr病毒BART位点的miRNA基因命名为ebv-mir-BART1。同一基因产生的多个miRNA则用数字后缀区分，如rlcv-mir-rL1-1基因。
病毒的成熟miRNA序列命名类似动物成熟miRNA命名，如rlcv-mir-rL1-1基因产生的两个miRNA分别命名为rlcv-miR-rL1-1-5p、rlcv-miR-rL1-1-3p。
参考链接miRNA的命名规则
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