欢迎关注”生信修炼手册”!
mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程，是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合，发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。
对于生物体内的调控关系，研究的比较多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之间的调控。TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的，而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库，网址如下
http://www.cuilab.cn/transmir
在该数据库中，将支持Tf-miRNA的证据分成了以下3类
-
level1
-
level2
-
literature
各个层次证据的数据量统计如下
该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息，各物种对应的数据量如下所示
通过官网的Search功能，可以根据miRNA或者TF进行检索，示意如下
点击对应的TF和miRNA, 可以查看详细信息，miRNA示意如下
该数据库与HMDD是同一个团队开发的，所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。
通过Network功能，可以查看TF-miRNA调控关系的网络图，如下所示
官网还提供了predict功能，用于预测指定的TF和miRNA之间的调控关系，示意如下
根据TF对应的motif信息，查找潜在结合位点附近的miRNA。
该数据库的信息是可以免费下载的，通过该数据库，可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。
·end·
—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
网友评论