部门预算执行审计是财政预算执行审计的重要组成部分。随着预算执行审计质量和水平的不断提高、审计所揭示的问题也越来越有深度。结合当前的工作实际，部门预算执行审计应关注以下重点。
一是要注意审查部门预算编制和调整情况。预算编制是预算执行的标准和指引，审计中要关注预算编制的完整性及细化程度、预算编制的科学性，同时关注部门追加调整预算的申请文件、依据，调整部门预算事项未编入年初预算的原因等。
二是要注意审查部门预算执行情况。预算执行情况包括预算收入及预算支出的执行情况。预算收入重点关注单位及下属单位非税收入的真实性、合法性，账面结转和结余总体情况，分析结转结余资金形成的原因。预算支出重点关注超预算支出费用，分析超预算支出的资金来源、超预算原因等，同时重点关注“三公经费”预算执行情况。
三是要注意审查部门预算项目支出及其绩效情况。重点关注项目支出是否存在挤占项目资金、项目安排不合理、资金使用不当导致财政资金滞留、闲置、损失浪费、使用效益低下等问题。
四是要注意审查决算编报的相关情况。重点关注决算报表反映内容的完整性、真实性。审查决算报表反映的各项数据是否正确，并对预算数、调整预算数和决算数的差异进行分析。
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