Linux环境下的软件安装

1.Linux的App store见下

image.png

生信一般使用miniconda

2.下载miniconda到服务器上

a.谷歌浏览器搜索“miniconda 清华”，为清华镜像网站
网址为：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
b.查看服务器的位数
uname -a
c.选择lasted
d.右键复制网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
e.wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
小技巧：自动补全用Tab, sh为脚本，即使安装失败了也不用重新下载。

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda: source ~/.bashrc
conda出现满屏信息，则为安装成功

添加镜像

镜像，即主网站的副本

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

a.查看当前服务器上安装的软件列表conda list
b.安装软件fastqcconda install fastqc -y
c.检查安装成功 fastqc --help，出现软件的帮助信息
d.卸载软件conda remove fastqc -y

conda环境，分身

看当前conda有哪些环境conda info --envs
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建rna-seq conda环境指定python3版本，安装两个软件

激活新的conda环境conda activate rna-seq

退出当前conda环境conda deactivate
参考：
图片，conda转自生信星球

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