R 做table

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1. 数据来源

> library(boot)
> head(melanoma)
  time status sex age year thickness ulcer
1   10      3   1  76 1972      6.76     1
2   30      3   1  56 1968      0.65     0
3   35      2   1  41 1977      1.34     0
4   99      3   0  71 1968      2.90     0
5  185      1   1  52 1965     12.08     1
6  204      1   1  28 1971      4.84     1

2. 调整数据用于后续分析

# 2 对应alive,1 对应Melanoma death,3对应Non-melanoma death
melanoma$status_label <- factor(melanoma$status,levels=c(2,1,3),labels=c("Alive","Melanoma death","Non-melanoma death"))
# 没有标签默认小的等于第一个
melanoma$sex_label <- factor(melanoma$sex,labels=c("Male","Female"))
melanoma$ulcer_label <- factor(melanoma$ulcer,labels=c("Present","Absent"))

3. 定义一个函数

library(Rcpp)
library(htmlTable)
library(Gmisc)
getT1Stat <- function(varname,digits=1){
  getDescriptionStatsBy(melanoma[,varname],
                        melanoma$status_lable,
                        add_total_col = TRUE, 
                        show_all_values = TRUE, 
                        hrzl_prop = FALSE,
                        useNA="ifany",
                        statistics=TRUE,
                        statistics.sig_lim = 10^-3,
                        html=TRUE,
                        digits=digits
                        )
}

image.png

• 函数定义完成后，建立一个空的列表，以储存每个变量的分析结果，并进行分析，将结果储存在列表中：

table_data <- list()
table_data[["Sex"]] <- getT1Stat("sex_label")
table_data[["Age"]] <- getT1Stat("age")
table_data[["Ulceration"]] <- getT1Stat("ulcer_label")
table_data[["Thickness<sup>a</sup>"]] <- getT1Stat("thickness",2)

• 将所有结果merge到一个矩阵中，并建立rgroup（table1第一列的变量名） 和 n.rgroup（table 1第一列每个变量的行数）：

rgroup<-c()
n.rgroup<-c()
output_data<- NULL
for (varlabel in names(table_data)){
  output_data <- rbind(output_data,table_data[[varlabel]])
  rgroup <-c(rgroup,varlabel)
  n.rgroup <-c(n.rgroup,nrow(table_data[[varlabel]]))
}

• 生成html 表格

htmlTable(output_data,align="rrrr",
          rgroup=rgroup,
          n.rgroup=n.rgroup,
          rgroupCSSseparator="",
          n.cgroup=n.cgroup,
          rowlabel="",
          caption="Table 1. Basic characteristics",
          tfoot="<sup>a</sup>Also known as Breslow thickness")

image.png

• 微调

cgroup <- c("","Death","")
n.cgroup <- c(2,2,1)
colnames(output_data) <- gsub("[ ]*death","",colnames(output_data))
htmlTable(output_data,align="rrrr",
          rgroup=rgroup,
          n.rgroup=n.rgroup,
          rgroupCSSseparator="",
          cgroup=cgroup,
          n.cgroup=n.cgroup,
          rowlabel="",
          caption="Table 1. Basic characteristics",
          tfoot="<sup>a</sup>Also known as Breslow thickness",
          ctable=TRUE)

image.png

• html 可以直接复制黏贴到word 修改