7fdae038d7c1

VlnPlot(all,features = makers,stack=T,pt.size=0,flip = T,add.noise = T)+

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        axis.ticks.y = element_blank(),

        axis.title = element_blank(),

        axis.text.x = element_text(colour = 'black',size = 10,angle = 90),

        legend.position = 'none')

2、单细胞Marker基因可示化包Nebulosa(主要用umap展示)，可以解决marker基因表达量低不明显的问题

https://www.jianshu.com/p/1765e33874c0
https://www.jianshu.com/p/34313bbadc1a

3、scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据https://www.jianshu.com/p/c8d4fe331ee3

4、SCpubr包 https://www.jianshu.com/p/82408f29230d

ggplot散点图分组展示细胞的marker基因的avg_log
按cluster分组展示marker基因的avg_log2FC差异倍数情况
UMAP图上同时展示多个marker基因
最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后...
基因 marker
http://www.nwbiotec.com/index.php?g=&m=article&a=new_nav_...
VirSorter2识别病毒序列
从宏基因/转录组数据中识别病毒信号缺少1. 广谱基因marker 2. 数据库代表 3. 有效工具。但VirSor...
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）
在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一...
2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表
在某篇文献里面看到这样的图片，想在自己的图里也展示一些marker基因的表达去monocle的官网上查了一圈，都没...
标记基因，报告基因傻傻分不清?
什么是标记基因？什么是报告基因? 标记基因(marker gene)是一种能够起特异性标记作用的基因。其实就是一种...
如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03
方法1 umap降维图：亚群间距离越近，越相似方法2 查看cluster间差异分析结果中marker基因，可从g...
2022-01-17 单细胞数据库
1GEO 直接发邮件要数据 2EBI 点download 可以参考相同研究的marker基因用来注释；一般下载r...
将Marker与多个物种blast结果输出位CSV文件的pyth
我们很多Markers通过本地blast比对到多个物种的基因组上，来确定marker在不同物种基因组上的位置，为了...