[目录]哈医数据库⑤TIP、SEECancer

1.哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
2.哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
3.哈医数据库③LncMAP、LNCat
4.哈医数据库④CellMarker、GPA

• 郑宝童的简书文档规划-V1 中已集齐哈医大近些年来发的数据库约30+，相应的文章蛮多都往NAR。tip:NAR比较倾向于接收数据库类型的文章。

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• 12.TIP
  • TIP简介

  • 抗癌免疫反应(Anti-cancer immune response)可以概念化为一系列癌症免疫周期的逐步发生的事件。 TIP (Tracking Tumor Immunophenotype) is a meta-server，它系统地集成了现有的两种第三方方法“ssgsea”和“cibersort”，利用RNA序列或微阵列数据(RNA-seq or Microarray data.)，跟踪、分析和可视化抗癌免疫状态和肿瘤浸润免疫细胞在七步癌症免疫循环中的比例。

• What can users do in TIP
  • 分析抗癌免疫力的状态在七癌症免疫周期包括
  • 癌细胞抗原的释放(步骤1),
  • 肿瘤抗原表示(步骤2),
  • 启动和激活(步骤3),
  • 走私的免疫细胞肿瘤(步骤4),
  • 免疫细胞渗透到肿瘤(步骤5),
  • 识别癌细胞的T细胞(步骤6)

  • 和杀死癌细胞(步骤7)。推测T细胞、B细胞、DCs、NK细胞、巨噬细胞等多种肿瘤浸润免疫细胞的比例。分析肿瘤免疫的现状及肿瘤浸润率

    
    tip
• 相关文献
  • TIP: A Web Server for Resolving Tumor Immunophenotype Profiling. Cancer Research. 2018.
• 其他资料
  • 肿瘤免疫研究的新工具--TIP
• 13.SEECancer
  • SEECancer简介
  • Introduction for SEECancer

癌症是由不断积累的体细胞变化所驱动的，这些变化使正常细胞具有从癌前状态进化为恶性肿瘤的适应度优势。SEECancer数据库提供了全面的癌症进化阶段特异性的体细胞事件(包括早期特异性、晚期特异性、复发特异性、转移特异性、耐药和药物诱导的基因组事件)及其时间顺序。

• Overview of SEECancer

SEECancer中的所有记录都是手动验证的。通过处理10000多篇已发表的文章，目前版本的SEECancer包含1231个进化阶段特异性基因组事件，以及82种人类癌症中不同类型的体细胞变化之间的5772个时间顺序，涉及23个组织起源。

• What can users do in SEECancer

-浏览发生在癌症进化不同阶段的各种基因组事件;
-通过关键词搜索进化阶段特定的躯体事件;
-在选定的癌症中搜索与特定基因相关的时间顺序;-下载进化阶段特定的躯体事件及其时间序列

seecancer

• 相关文献
  • SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome. Nucleic Acids Research. 2018.

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