数据探索之统计分布

作者: 鱼心DrFish | 来源:发表于2017-04-19 17:32 被阅读1304次

    本文用Python统计模拟的方法,介绍四种常用的统计分布,包括离散分布:二项分布和泊松分布,以及连续分布:指数分布和正态分布,最后查看人群的身高和体重数据所符合的分布。

    # 导入相关模块
    import pandas as pd
    import numpy as np
    import matplotlib.pyplot as plt
    import seaborn as sns
    %matplotlib inline
    %config InlineBackend.figure_format = 'retina'
    

    随机数

    计算机发明后,便产生了一种全新的解决问题的方式:使用计算机对现实世界进行统计模拟。该方法又称为“蒙特卡洛方法(Monte Carlo method)”,起源于二战时美国研制原子弹的曼哈顿计划,它的发明人中就有大名鼎鼎的冯·诺依曼。蒙特卡洛方法的名字来源也颇为有趣,相传另一位发明者乌拉姆的叔叔经常在摩洛哥的蒙特卡洛赌场输钱,赌博是一场概率的游戏,故而以概率为基础的统计模拟方法就以这一赌城命名了。

    使用统计模拟,首先要产生随机数,在Python中,numpy.random 模块提供了丰富的随机数生成函数。比如生成0到1之间的任意随机数:

    np.random.random(size=5)  # size表示生成随机数的个数
    
    array([ 0.32392203,  0.3373342 ,  0.51677112,  0.28451491,  0.07627541])
    

    又比如生成一定范围内的随机整数:

    np.random.randint(1, 10, size=5)  # 生成5个1到9之间的随机整数
    
    array([5, 6, 9, 1, 7])
    

    计算机生成的随机数其实是伪随机数,是由一定的方法计算出来的,因此我们可以按下面方法指定随机数生成的种子,这样的好处是以后重复计算时,能保证得到相同的模拟结果。

    np.random.seed(123)
    

    在NumPy中,不仅可以生成上述简单的随机数,还可以按照一定的统计分布生成相应的随机数。这里列举了二项分布、泊松分布、指数分布和正态分布各自对应的随机数生成函数,接下来我们分别研究这四种类型的统计分布。

    • np.random.binomial()
    • np.random.poisson()
    • np.random.exponential()
    • np.random.normal()

    二项分布

    二项分布n个独立的是/非试验中成功的次数的概率分布,其中每次试验的成功概率为p。这是一个离散分布,所以使用概率质量函数(PMF)来表示k次成功的概率:

    最常见的二项分布就是投硬币问题了,投n次硬币,正面朝上次数就满足该分布。下面我们使用计算机模拟的方法,产生10000个符合(n,p)的二项分布随机数,相当于进行10000次实验,每次实验投掷了n枚硬币,正面朝上的硬币数就是所产生的随机数。同时使用直方图函数绘制出二项分布的PMF图。

    def plot_binomial(n,p):
        '''绘制二项分布的概率质量函数'''
        sample = np.random.binomial(n,p,size=10000)  # 产生10000个符合二项分布的随机数
        bins = np.arange(n+2) 
        plt.hist(sample, bins=bins, align='left', normed=True, rwidth=0.1)  # 绘制直方图
        #设置标题和坐标
        plt.title('Binomial PMF with n={}, p={}'.format(n,p))  
        plt.xlabel('number of successes')
        plt.ylabel('probability')
        
    
    plot_binomial(10, 0.5)
    

    投10枚硬币,如果正面或反面朝上的概率相同,即p=0.5, 那么出现正面次数的分布符合上图所示的二项分布。该分布左右对称,最有可能的情况是正面出现5次。

    但如果这是一枚作假的硬币呢?比如正面朝上的概率p=0.2,或者是p=0.8,又会怎样呢?我们依然可以做出该情况下的PMF图。

    fig = plt.figure(figsize=(12,4.5)) #设置画布大小
    p1 = fig.add_subplot(121)  # 添加第一个子图
    plot_binomial(10, 0.2)
    p2 = fig.add_subplot(122)  # 添加第二个子图
    plot_binomial(10, 0.8)
    

    这时的分布不再对称了,正如我们所料,当概率p=0.2时,正面最有可能出现2次;而当p=0.8时,正面最有可能出现8次。

    泊松分布

    泊松分布用于描述单位时间内随机事件发生次数的概率分布,它也是离散分布,其概率质量函数为:

    比如你在等公交车,假设这些公交车的到来是独立且随机的(当然这不是现实),前后车之间没有关系,那么在1小时中到来的公交车数量就符合泊松分布。同样使用统计模拟的方法绘制该泊松分布,这里假设每小时平均来6辆车(即上述公式中lambda=6)。

    lamb = 6
    sample = np.random.poisson(lamb, size=10000)  # 生成10000个符合泊松分布的随机数
    bins = np.arange(20)
    plt.hist(sample, bins=bins, align='left', rwidth=0.1, normed=True) # 绘制直方图
    # 设置标题和坐标轴
    plt.title('Poisson PMF (lambda=6)')
    plt.xlabel('number of arrivals')
    plt.ylabel('probability')
    plt.show()
    

    指数分布

    指数分布用以描述独立随机事件发生的时间间隔,这是一个连续分布,所以用质量密度函数表示:

    比如上面等公交车的例子,两辆车到来的时间间隔,就符合指数分布。假设平均间隔为10分钟(即1/lambda=10),那么从上次发车开始,你等车的时间就满足下图所示的指数分布。

    tau = 10
    sample = np.random.exponential(tau, size=10000)  # 产生10000个满足指数分布的随机数
    plt.hist(sample, bins=80, alpha=0.7, normed=True) #绘制直方图
    plt.margins(0.02) 
    
    # 根据公式绘制指数分布的概率密度函数
    lam = 1 / tau
    x = np.arange(0,80,0.1)
    y = lam * np.exp(- lam * x)
    plt.plot(x,y,color='orange', lw=3)
    
    #设置标题和坐标轴
    plt.title('Exponential distribution, 1/lambda=10')
    plt.xlabel('time')
    plt.ylabel('PDF')
    plt.show()
    

    正态分布

    正态分布是一种很常用的统计分布,可以描述现实世界的诸多事物,具备非常漂亮的性质,我们在下一讲参数估计之中心极限定理时会详细介绍。其概率密度函数为:

    以下绘制了均值为0,标准差为1的正态分布的概率密度曲线,其形状好似一口倒扣的钟,因此也称钟形曲线。

    def norm_pdf(x,mu,sigma):
        '''正态分布概率密度函数'''
        pdf = np.exp(-((x - mu)**2) / (2* sigma**2)) / (sigma * np.sqrt(2*np.pi))
        return pdf
    
    mu = 0    # 均值为0
    sigma = 1 # 标准差为1
    
    # 用统计模拟绘制正态分布的直方图
    sample = np.random.normal(mu, sigma, size=10000)
    plt. hist(sample, bins=100, alpha=0.7, normed=True)
    
    # 根据正态分布的公式绘制PDF曲线
    x = np.arange(-5, 5, 0.01)
    y = norm_pdf(x, mu, sigma)
    plt.plot(x,y, color='orange', lw=3)
    plt.show()
    

    身高、体重的分布

    以上从计算机模拟的角度出发,介绍了四种分布,现在让我们看一下现实中的数据分布。继续上一讲数据探索之描述性统计中使用的BRFSS数据集,我们查看其中的身高和体重数据,看看他们是不是满足正态分布。

    首先导入数据,并编写绘制PDF和CDF图的函数 plot_pdf_cdf(),便于重复使用。

    # 导入BRFSS数据
    import brfss
    df = brfss.ReadBrfss()
    height = df.height.dropna()
    weight = df.weight.dropna()
    
    def plot_pdf_cdf(data, xbins, xrange, xlabel):
        '''绘制概率密度函数PDF和累积分布函数CDF'''
        
        fig = plt.figure(figsize=(16,5)) # 设置画布尺寸
    
        p1 = fig.add_subplot(121)  # 添加第一个子图
        # 绘制正态分布PDF曲线
        std = data.std()
        mean = data.mean()
        x = np.arange(xrange[0], xrange[1], (xrange[1]-xrange[0])/100)
        y = norm_pdf(x, mean, std)
        plt.plot(x,y, label='normal distribution')
        # 绘制数据的直方图
        plt.hist(data, bins=xbins, range=xrange, rwidth=0.9, 
                 alpha=0.5, normed=True, label='observables')
        # 图片设置
        plt.legend()
        plt.xlabel(xlabel)
        plt.title(xlabel +' PDF')
    
        p2 = fig.add_subplot(122)  #添加第二个子图
        # 绘制正态分布CDF曲线
        sample = np.random.normal(mean, std, size=10000)
        plt.hist(sample, cumulative=True, bins=1000, range=xrange, 
                 normed=True, histtype='step', lw=2, label='normal distribution')
        # 绘制数据的CDF曲线
        plt.hist(data, cumulative=True, bins=1000, range=xrange, 
                 normed=True, histtype='step', lw=2, label='observables')
        #图片设置
        plt.legend(loc='upper left')
        plt.xlabel(xlabel)
        plt.title( xlabel + ' CDF')
        plt.show()
    

    人群的身高分布比较符合正态分布。

    plot_pdf_cdf(data=height, xbins=21, xrange=(1.2, 2.2), xlabel='height')
    

    但是体重分布明显右偏,与对称的正态分布存在一定的差异。

    plot_pdf_cdf(data=weight, xbins=60, xrange=(0,300), xlabel='weight')
    

    将体重数据取对数值后,其分布就与正态分布非常吻合。

    log_weight = np.log(weight)
    plot_pdf_cdf(data=log_weight, xbins=53, xrange=(3,6), xlabel='log weight')
    

    本文代码github

    数据探索系列目录:

    1. 开篇:数据分析流程
    2. 描述性统计分析
    3. 统计分布(本文)
    4. 参数估计
    5. 假设检验

    参考资料:

    致谢:
    最后还是非常感谢解密大数据社群的小伙伴们给我的支持和鼓励,让我们一起成长。


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